水艦隊是在豐源地區活動的邪惡組織, 在口袋妖怪藍寶石以及原始藍寶石中作為反派登場。 水艦隊認為海洋是生命之源, 因此希望擴大海洋的面積, 建立神奇寶貝們的理想家園。
水艦隊與火巖隊的理念正好相反。 火巖隊認為人類才是最終要的, 因此想要擴大陸地面積, 擴大人類的活動范圍。 這點對于水艦隊來說是無法容忍的。
可以說, 水艦隊里的成員都是真正愛著神奇寶貝的, 為此他們不惜損害人類自身的利益, 只為創立神奇寶貝自己的家園。 在紅寶石中, 水艦隊沒有做出什么過激的舉動,
水艦隊并不是什么壞人, 在喚醒蓋歐卡后, 蓋歐卡無法被控制, 以至于造成了巨大的災害。 這令水艦隊的老大水梧桐非常的后悔, 通關之后到送火山山頂可以看見悔悟的水梧桐將寶珠歸還。 在起源藍寶石中, 他也試圖阻止手下潮的暴走。
在動畫以及漫畫中, 兩方都是反派。 水艦隊逼迫巴魯和天氣研究所其他成員交出關于超古代寶可夢的數據資料。 不過卻被火巖隊的班納伊以及小智等一行人阻止。
水艦隊的老大水梧桐是個有理想的, 充滿抱負的人。 他希望為大地帶來傾盆暴雨,
本質上來說, 水艦隊也算是正義的集團, 與火箭隊這種純粹的邪惡不同。 他有其善良的一面, 無非只是選擇的道路是錯誤的罷了, 其目的的終點, 帶來的也并非只有毀滅, 而是新生。