高中生偵探工藤新一自出道以來， 多次偵破員警都頭疼的案件， 人稱“平成年代的福爾摩斯”“日本員警的救世主”， 被黑衣組織灌下名為APTX4869的藥後， 縮小回小學生年齡， 化名江戶川柯南寄住在女友毛利蘭家， 經常跟隨毛利蘭的父親， 私家偵探毛利小五郎到各大案發現場， 用阿笠博士製造的手錶形麻醉槍射暈毛利小五郎， 用蝴蝶領結變聲器偽裝成毛利小五郎的聲音， 代替他進行推理。
平時發生案件， 毛利小五郎都毫無頭緒， 只會亂指兇手， 出錯不斷， 難得有幾次毛利小五郎自己說出兇手的時候， 也是靠江戶川柯南通過各種方式提醒他才行，
這次案件是一位父親， 為了掩藏自己和女兒的關係而犯下罪行， 他們雖然是父女卻只能偷偷見面， 因為當年她還沒出生的時候， 她媽媽就給她換了一個更優秀的新爸爸， 她的新家庭很好， 新爸爸也不知道她其實是別人的孩子， 如果這件事曝光她的前途和家庭就都毀了！
江戶川柯南並沒有看出這一點， 以為犯人和替他掩藏罪行的女人是情人關係。
毛利小五郎卻早就發現了他們的父女關係， 因為犯人看其他男人的眼神， 並不是看情敵的神情， 而是父親對女兒身邊的男人非常不放心的眼神，
最後兇手的女兒抱著毛利小五郎， 給他講了自己和爸爸的故事， 求他放過自己的父親， 只要他不說， 也許犯案的罪證就不會被發現， 她爸爸也不用坐牢了， 平時好色的毛利小五郎這一次帥到了最後， 沒有任何猶豫就拒絕了美女演員的懇求， 最後以兇手自首告終……毛利小五郎和妃英理這對夫妻啊， 總是猝不及防的秀恩愛！他知道自己現在看工藤新一也是跟當年的英理爸爸一樣充滿敵意的眼神嗎？工藤新一也是不容易， 平時再厲害有什麼用？將來動真格的搶女兒時， 他根本打不過毛利小五郎就算了， 連聰明的優點都用不上，