崇禎帝殉國不久, 多爾袞統率12萬清軍入關, 不到一年時間就招降了各地明軍40多萬人, 這表明明朝滅亡時並沒有到山窮水盡的地步, 還有著不小的家底。 清軍中滿洲八旗兵只有七萬人, 其他都是漢軍和蒙古八旗, 李自成的闖軍雖號稱30萬, 除去老弱病殘, 真正的壯年士兵也就十多萬人, 明朝軍隊在數量上依然佔有優勢, 完全有可能東山再起。
如果崇禎不死, 大明皇帝就是明朝軍民抗擊外寇的一面旗幟, 吳三桂也不會陷入降順還是降清的尷尬之中, 清軍也不會輕易入關得了天下。 實際上, 清朝定鼎中原後,
在南明18年歷史上, 最有作為的要屬隆武帝和監國魯王, 這兩位都有志於恢復北方失地, 也做了很多努力, 但魯王政權和隆武政權為了正統性之爭, 互相傾軋, 最終兵戎相見, 南明的實力過多的消耗在內部鬥爭之中。 崇禎帝南遷的話, 南明政權就不存在正統性問題, 對於明朝將領的凝聚力也非皇族支系可比, 這樣就能把更多的軍事資源用於北方的抗清戰爭, 依託長江天險, 最壞的結果也可以與清朝劃江而治。
明太祖朱元璋最開始就是定都南京, 朱棣遷都之後, 南京一直作為明朝的留都, 保留了完整的官吏機構,
平民百姓尚且惜命, 何況帝王, 崇禎帝並非不想南遷, 而是各方面條件都不允許他南遷。 東林黨是遷都的最大阻礙。 這些來自江南的地主士紳階層, 所考慮的並不是明朝的生死存亡, 而是他們自身的利益。 江南地區的田畝、工商業基本都被這些官員的宗族把持, 如果崇禎帶著龐大的明朝政府南遷, 勢必對當地宗族的既得利益產生嚴重衝擊。 另外, 明朝政府如果繼續在北方抗擊清軍, 對於江南士紳來說,
東林黨官員並不擔心明朝滅亡, 李自成來了, 他們投降了大順, 多爾袞來了, 他們又投降了清朝, 對於他們來說只是老闆換了, 給誰打工都一樣。 其間也有大臣提議, 讓太子前往南京監國, 來作為明朝政權的備份機制, 但崇禎帝害怕太子在南京自立為帝, 自己一不留神成了太上皇, 對於太子監國南京的方案, 崇禎一開始就拒絕了。
崇禎明顯低估了李自成闖軍的發展勢頭, 崇禎十四年時, 李自成還被明朝打的找不著北。 歷時兩年的松錦之戰, 以明朝慘敗結束, 明朝傾盡國力打造的九邊精銳損失殆盡, 吳三桂帶領明軍殘餘退守寧遠。 隨著洪承疇投降清軍,
崇禎十七年一月, 李自成在西安稱帝, 接連攻下太原、大同重鎮, 三月十一打到張家口, 四天后直逼居庸關, 兩天后已經兵臨西直門, 大順軍完全是破竹之勢。 李自成如此順利, 很大程度上是明朝未能進行有效的兵力調動和阻截, 大順軍一路上都沒有遇到像樣的抵抗。 崇禎完全沒有預料到兩個月前還在千里之外的李自成, 會這麼快兵臨城下, 此時河北一帶已經是李自成的勢力範圍, 崇禎再想南遷已經是不可能了。
儘管崇禎帝對於南遷一事優柔寡斷, 遲遲下不了決心, 但山東官員還是早早的為南遷準備好了近百艘大型海船,