鋼煉的主線劇情是兄弟倆恢復身體的探索過程。
一開始就鋪墊好了反方勢力。
大約在休斯遇難後情節才真正展開。
一方面羅伊部署釣出軍中黑幕，
一方面愛德華繼續追求回復弟弟身體的可能性。
中間穿插著斯卡的復仇，
師父的黑歷史，
新國人們入隊，
以及大總統身份的暴露。
羅伊方面殺死了人造人拉斯特，
愛德華方面領悟出弟弟可以回復原本的身體——這是第一部分；
第二部分愛德華也開始對人造人採取行動，
靠被斯卡追殺引誘人造人出現，
同時參加的有羅伊大佐，
霍克艾中尉，
姚麟及蘭芳。
他們成功捕獲人造人格拉托尼，
損失了蘭芳一條手臂以及羅伊大佐的算盤被大總統察覺。
之後格拉托尼暴走吞下愛德華，
姚麟和恩維。
格拉托尼帶著阿爾去找父親大人，
同時斯卡和張梅也來到父親大人住所。
姚麟變成人造人格力德，
之後大總統向羅伊和愛德華攤牌，
架空的羅伊大佐的勢力並以溫莉為人質要脅愛德華繼續工作，
中間穿插伊修巴爾殲滅戰及霍恩海姆走四方劇情；
第三部分張梅，
斯卡和瑪律科為了調查斯卡哥哥的研究結果去了北方，
愛德華阿爾追著去北方，
進入了布裡格斯要塞。
阿姆斯壯少將逼問愛德華交代他們知道的真相，
並領悟到敵方想用全國做成國土煉成陣。
中間金布利為了追殺瑪律科攙和一腳，
愛德華方面被動並與張梅方面匯合，
合成獸四人和斯卡歸隊。
愛德華，
獅子和猩猩離隊，
阿爾離隊並送信，
張梅溫莉斯卡等人前往伊修巴爾貧民窟，
阿姆斯壯少將親自去中央落入虎口。
之後阿爾與張梅等會面，
恩維被打敗並由張梅送回新國。
阿爾，
霍恩海姆和愛德華在雷奧爾碰頭，
霍恩海姆說出約定之日的時間，
這個情報經過阿爾-卡迪斯-邁爾斯-古拉曼-麗蓓嘉-霍克艾-馬斯坦-阿姆斯壯少將的情報網後，
東方軍和北方軍開始準備在約定之日生事。
中間穿插人造人斯洛斯，
人造人普萊德的相關劇情。
第四部分約定之日，
一天的劇情講了18集而不嫌拖遝。
東方軍和北方軍演練，
並設計陷害布拉德雷。
羅伊馬斯坦等人以及北方軍一部分及伊茲米進入中央開始造反。
愛德華等人進入第三研究所準備潛入地下尋找父親大人，
遭遇不死軍團。
阿爾困住普萊德，
之後普萊德被金布利所救，
一場激戰後金布利被普萊德吞噬，
阿爾和獅子，
瑪律科，
yoki隨後進入中央。
張梅回到中央，
恩維恢復身體並和張梅掉入第三研究所。
在第三研究所愛德華等人得到羅伊幫助全殲不死軍團，
恩維承認自己是殺害休斯的兇手，
被馬斯坦殺死。
與此同時阿姆斯壯少將在中央指揮部和阿姆斯壯少校對抗人造人斯洛斯，
福爺和蘭芳分頭尋找姚麟，
古力麟覬覦世界之王的寶座，
布拉德雷回歸並與巴卡尼亞等人激戰，
中央動亂進入僵持階段。
之後金牙醫生將人柱帶到父親大人的居所，
布拉德雷和普萊德強迫羅伊人體煉成，
父親大人計畫完成，
以全亞美斯特利斯人為代價吞噬了神。
霍恩海姆翻盤，
亞美斯特利斯人吐便當。
最後在人們的群毆及愛德華補刀下父親大人over，
愛德華想到辦法恢復了阿爾的身體。
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