巴基斯坦的總理和總統的權力分配一直是巴基斯坦這個國家所存在的問題， 按照理論上來說， 巴斯斯坦的政體屬于議會共和制， 也就是說， 總統是名義上的最高領導人， 而總理才是真正掌握著實權的那一個， 但是由于這個國家的特殊性， 真實的情況一直與理論存在著偏差。
巴基斯坦這個國家政治格局并不是十分的穩定， 政變頻發， 權力交替非常頻繁， 總統和總理權力的大小一直在發生著微妙的變化。 1977年， 其發生了第一次政變， 以軍方為代表的哈克政府推翻了原來的內閣。 哈克上臺之后在第二年宣布就任巴基斯坦的總統。
在他就任總統之后， 不但解散了議會和內閣， 而且還進一步取消了軍隊高級將領和法官的權力， 實行軍人獨裁， 儼然成為了一個赤裸裸的軍政府， 此時的巴基斯坦， 總統就是一切， 這個情況一直持續到1997年， 憲法修正案中正式取消了總統可以任意解散內閣的權力， 總理的權力才有所恢復。
但是在同年， 同樣身為軍界領袖的穆沙拉夫再次發動政變， 同樣的再次修改憲法， 議會又一次被踢出了政府之外， 總統的權力再次被放大， 此后一直持續到2008年穆沙拉夫辭職， 新的政府先后通過三條修正案才使總統的大部分權力交由總理。
由于復雜的外部和內部環境， 軍人在維持政府正常運作上一直扮演著重要角色，