日本人在1942年夏天開始使用戰船運送戰俘， 戰俘們被緊緊地塞進貨物區， 空氣稀薄， 食物和水都很缺乏， 在運送過程中最常見的死亡原因是饑餓和窒息， 那些幸存下來的人經常因為炎熱和營養不良而失去理智。 所以這些船只被稱作“地獄船”。 更為不幸的是， 2萬名囚犯死于盟軍對這些船只的襲擊。 雖然飛行員和艦長不知道他們是在殺害同胞， 盟軍指揮官卻知道船上是被俘的盟軍士兵。 地獄之舟遭到了盟軍飛機和潛艇的攻擊， 因為盟軍指揮官認為， 擊沉船只比營救俘虜更重要。
1945年7月14日， 美國印第安那號轟炸機轟炸日本船只
第一批被擊沉的地獄之船之一是里斯本丸號， 它裝載了大約2000名英國戰俘， 從香港運送到日本。 石斑魚在1942年10月用魚雷襲擊了這艘船。 當戰俘們試圖逃離時， 他們被看守開槍打死了。 大約800名囚犯在沉船過程中死亡。 美國海獅號(USS Sealion)用魚雷擊沉了Rakuyo Maru號。 不幸的是， 在此期間， 盟軍并不知道船上有戰俘， 導致了澳大利亞人和英國人的死亡。
里斯本丸， 日本最早的地獄船之一
這些戰俘是從新加坡轉移到臺灣的， 超過1000人死亡， 其中300人逃到救生艇上， 開始劃船上岸， 但是一艘日本船追上了他們， 把他們全部殺死。 在襲擊后的第三天， 三艘盟軍潛艇返回了現場， 救出了63名抓住漂浮木筏的囚犯。 四人在獲救后死亡。
美國海軍“海獅號”
第二次世界大戰后不久， 美國海軍“海獅號”也加入其中。 它負責擊沉一艘運送盟軍戰俘的日本地獄船。 而大型貨輪蘇伊士運河號(Suez Maru)被“鰹魚”號(USS Bonefish)用魚雷擊沉， 它關押了500多名囚犯， 大部分是英國人。 他們都是從勞改營來的， 病得很重。 在襲擊中， 一些人設法逃出船艙， 但他們也被日本警衛擊中。 1943年1月， 美國瓦胡號軍艦用魚雷擊沉了“Buyo Maru”號， 導致195名印度囚犯死亡。 在水中的幸存者被誤認為是日本軍隊， 他們被盟軍機槍掃射。
Oryoku Maru號扣留了巴丹死亡游行的幸存者， 并將超過1500人從馬尼拉運到蘇比克灣。 大部分是美國人， 一些捷克士兵， 還有一些日本平民。
一些日本人對地獄船上的條件感到震驚。 1945年， 巴西馬魯號將一小批盟軍戰俘運送到莫吉號。 到達日本后， 日本的醫護人員對可怕的環境感到震驚， 并試圖拯救他們。 100多人在一家原始醫院接受治療， 但幾乎所有人都死亡。