在廣州起義失敗後， 廣州當局下令通緝孫中山、楊衢雲、鄭士良、陳少白等人。 香港當局則驅逐孫中山， 五年內不得入境。 1895年11月， 孫中山和陳少白、鄭士良東渡到了日本橫濱。 在橫濱設立了興中會橫濱分會。
12月中旬， 孫中山離開日本， 經檀香山去美國歐洲遊歷， 1896年孫中山到達英國。 1897年經加拿大重回日本。
1897年， 橫濱的華僑商人馮鏡如等人創辦中國學校， 孫中山替他取名為“中西學校”！因為興中會內找不到合適的老師， 陳少白就想請梁啟超代為招聘教員。 康有為、梁啟超把赴日教學當成擴大維新派的良機， 於是派遣徐勤等人赴日教學。
1898年6月11日， 康有為領導的維新變法運動得到光緒帝的肯定， 頒佈“定國是詔”， 表明維新旨意。 在這段時間， 康有為等人的變法得到了光緒帝的大力支持。 此時康有為覺得維新有望， 便不願再和孫中山扯上關係。 於是寫信給徐勤等人， 讓他們與革命派斷絕往來。 徐勤等人暗中製作了“不得招待孫逸仙”的匿名揭帖， 拒絕孫中山再入大同學校。 學校內的老師、校長、華僑等人也紛紛倒向了徐勤一邊。
然而9月21日， 慈禧太后發動政變， 囚禁光緒帝， 通緝梁啟超、康有為， 重新垂簾聽政。 戊戌六君子被殺， 其他支持變法的人員也都被囚禁， 革職。 發佈的變法詔令被廢除。 維新運動徹底失敗了。
1897年陳少白、楊心如在臺灣建立了興中會臺北分會。 楊衢雲在廣州起義失敗後， 遠赴南非， 沿途也建立了興中會分會。 楊衢雲在1898年到達日本找到孫中山， 繼續協力革命。 10月梁啟超跟康有為到達日本。 此時， 革命派和保皇派又有了新的合作機會， 孫中山也燃起了爭取他們轉向革命的希望。
然而， 當康有為到達東京的第二天， 孫中山便準備親自慰問， 而康有為卻自稱身奉光緒帝的衣帶詔， 不便與革命黨人來往， 對孫中山拒而不見！經過一番周旋， 定好了孫中山， 陳少白、康有為、梁啟超四人會談。 會談的時候康有為沒有出席， 梁啟超自稱是康有為的代表， 三人詳細談論了合作的方法。
1899年， 康有為離開日本赴歐美遊歷， 在英國向請求英國政府支持他的“復辟”計畫， 但是沒成功。 7月20日， 康有為在加拿大創立“保救大清光緒皇帝會”， 簡稱保皇會（維新會）！之後保皇會遍佈加拿大各處又陸續發展到了美國、墨西哥、中美、南美等地。
與康有為不同的是， 梁啟超則表現出同情革命的傾向！雖然在這個時期， 梁啟超還是以康有為的思想作為方針。 但是， 畢竟在康有為離開日本後， 少了康有為的牽制， 梁啟超的思想在慢慢轉變。 經過多次協商後， 兩派最終達成一個初步的合作方案。 為了兩派能夠聯合， 梁啟超親赴香港和陳少白進行商量， 推薦陳和徐勤一起起草聯合章程。 沒想到的是徐勤表面上贊成， 暗地裡卻向康有為告密。
在梁啟超去檀香山之前， 還信誓旦旦的對孫中山保證要合作到底。 孫中山相信梁啟超， 於是把他介紹給孫眉和興中會其他會員。 梁啟超在檀香山聲稱保皇會“名為保皇， 實則革命”， 包括孫眉在內的許多興中會會員都加入了保皇會。 這時檀香山的興中會已經稱了保皇會的活動區域。
興中會被破壞並不是檀香山一處， 在橫濱的保皇會成立後， 橫濱的興中會只剩下十幾個會員了。