火影忍者表面是一部熱血戰斗漫畫， 但是其實這部漫畫構建的世界是一個非常黑暗， 和充滿危險的。 其中有一些情節并不適合小孩子觀看， 而且還有一些細思極恐的場景和設定出現。
霧隱的血霧政策。 由于霧隱的影被帶土控制， 實行了血霧政策。 所有一起學習， 一起成長的忍者們在畢業之際被逼迫互相殘殺， 曾經的同伴和朋友， 不得不互相揮起了屠刀。 這種政策真是堪稱恐怖。
佐助殺掉香磷。 香磷是佐助鷹小隊中的一員， 一直都對于佐助的美色垂涎已久。 是佐助忠實的小迷妹。 但是一心只有復仇的佐助為了殺掉團藏卻不顧香磷的生命，
大蛇丸做人體試驗。 大蛇丸是火影中唯一一個相信科學的人。 希望可以從人體中發掘到永生的秘密。 但是這種禁忌實驗免不了進行活體實驗。 最后終于向自己村子中忍者下手的大蛇丸最終成為了木葉的叛忍。
雛田被搶走。 雛田作為鳴人的官配夫人， 卻在中間差點就被舍人搶親成功， 給鳴人送了一頂”原諒帽“。 雖然最后的結局肯定是被鳴人一頓暴K， 奪回了雛田。 但是舍人對于雛田的折磨和創傷卻是永遠也無法被抹平的。