民國初期， 少林寺早已破敗， 所謂瘦死駱駝比馬大， 然而仍有1000多畝土地， 數百僧眾， 少林寺卻能在其衰敗之際依然保證香火不斷， 確實是非常偉大的。 然而馮玉祥手下石友三， 在進攻河南登封時， 將少林寺一把大火燒毀。
石友三的惡名都有耳聞， 這個歷史上特點鮮明的漢奸一生作惡不少， 不過他給歷史留下的最濃重的一筆莫過于火燒少林寺。 當時石友三為什么火燒少林？
民國十六年， 建國軍樊鐘秀部趁馮玉祥部參與國民大革命， 后方空虛， 奪取了河南省西部的偃師縣， 不久之后馮手下部將石友三奪回偃師縣，
為了掩護樊鐘秀， 少林寺武僧出面阻擊石友三部隊， 少林寺內負責管理武僧的妙興和尚， 相當于我們平常所了解的羅漢堂或者達摩堂的一把手， 此僧更是早已投靠了吳佩孚部， 多次幫助北洋軍閥阻擊國民革命軍以及投靠了革命軍的馮玉祥部。 民國十七年2月妙興戰死， 石友攻破少林， 恰逢陽春三月， 一把大火燒了40多天， 千年古剎毀于一旦。
雖然各種有原油， 但石友三火燒少林的罪責不可推卸， 畢竟參與北洋軍的是僧人， 而不是古剎。
然而少林寺作為清修之地， 本應六根清凈， 原本蓄養武僧只是為了保護寺院財產，
一、樊鐘秀一生也算是英雄， 頗有些義名， 能夠識大節。 樊鐘秀早年在少林出家， 有些拳腳， 從組織鄉民抵抗官匪開始走上軍事生涯。 他首先提出了孫為民國國父這個概念， 得到國人響應， 并且名聲大噪， 算是少林寺的當世的一塊招牌， 他在撤退中回到少林， 得到少林的幫助， 于情可以理解；
二、民國十一年， 北洋軍閥吳佩孚的人在少林寺見到妙興和尚， 得知少林寺內藏有槍支， 武裝能力驚人， 就封妙興為手下第一旅第一團， 民國十二年， 原本負責少林武裝的恒林和尚去世， 享年59歲， 妙興繼承了他的位置， 此時的妙興已經是吳佩孚部下一員。
三、最后一個原因， 少林寺雖然名義上是清修之地， 然而紅塵之地哪有絕對凈土， 少林之所以能夠興旺千年， 與其千年以來押寶政治力量不無關系。 隋末軍閥混戰， 少林直接加入了李淵、李世民集團， 狙擊王世充集團， 并且留下了“十三棍僧救唐王”的傳說。
這一次少林寺的出手實質上與1300年前沒有什么不同， 王世充是一個胡人， 作為大乘佛教的代表性寺院， 如果讓王世充主政， 少林寺也很難保證。 而1928年這一次對抗馮玉祥、石友三道理差不多， 馮、石二人接受西方影響屬于天主教徒， 少林的立場無可厚非， 一味的談清規戒律毫無意義。 只不過與1000多年前不同的是， 人類文明發生了巨大的進步， 整個世界發生了翻天覆地的變化，
1991年永信禪師在日本交流， 發現了大批當年的照片， 人們才知道， 今日少林與昔日幾乎完全不同， 而昔日規模也絲毫不在今日之下。