同治帝載淳在位期間， 經過曾國藩、李鴻章、丁日昌等人的倡導， 也辦了一些所謂“洋務新政”。 但當時的實際統治者是其生母慈禧和皇叔奕。 他是一個少不更事的頑童， 親政以后， 作為一個青年皇帝， 確實是辜負了朝野上下對他的殷切期望。 他受慈禧壓制多年， 更是一個好色的紈绔子弟， 因此， 關于他的死因也是眾說紛紜。
官方說法是得天花死的， 為此， 慈禧還裝模作樣地在宮中拜娘娘， 以掩人耳目。 但是事實上他是得性病死的， 他的死狀很慘， 渾身長滿了膿包， 并且潰爛。 這與同治喜歡流連煙花之地很有關系。
因為同治帝的皇后阿魯特氏很得皇帝歡心， 但是這個皇后是慈安給他選的， 而同治呢遵從了慈安太后的選擇， 并沒有選擇慈禧挑中的美嬌娘， 這就大大地得罪了慈禧。 并且這位皇后在新婚之夜就很得同治歡心， 鶼鰈情深。
皇后的性格與慈禧也合不來， 總之， 慈禧很不喜歡這位皇后， 就以各種理由不讓同治與皇后多親近， 而同治也不愿意與慈禧挑的慧妃親近， 久而久之， 就想去青樓， 但又怕碰見大臣， 于是只能去一些小地方， 結果就染上了梅毒。 同治是個悲劇， 他的皇后也是個悲劇， 同治死后， 阿魯特氏已經有身孕了，
關于同治死于梅毒說。 也主要是根據歷史檔案和翁同龢日記。 野史中也有載述， 《清宮遺聞》記載“同治到私娼處， 致染梅毒。 ”翁同龢日記云：“晤太醫李竹軒、莊某于內務府坐處， 據云， 脈息皆弱而無力， 腰間腫處， 兩孔皆流膿， 亦流腥水， 而根盤甚大， 漸流向背， 外潰則口甚大， 內潰則不可言， 意甚為難。 ”
二十八日又記：“腰間潰如椀， 其口在邊上， 揭膏藥則汁如箭激， 丑刻如此， 卯刻復揭， 又流半盅。 ”二十九日再記：“見御醫為他揭膏藥擠膿， 膿已半盅， 色白而氣腥， 漫腫一片， 腰以下皆平， 色微紫， 看上去病已深。 ”李慈銘日記也記載：“上旋患癰， 項腹皆一， 皆膿潰。 ”但他又說：“宮廷隔絕， 其事莫能詳也。 ”
由此可見， 同治帝死于梅毒的可能性很大。