宋教仁遇刺案， 眾說紛紜， 民國諸多革命大佬， 均認為幕后兇手是袁世凱， 孫中山這樣認為， 黃興也這樣認為。 黃興甚至在宋教仁的挽聯上， 公然痛斥袁世凱刺殺宋教仁。
但事實上， 至今仍沒有任何袁世凱指使刺客刺殺宋教仁的有力證據。 隨著對史料的深度挖掘， 越來越多的內幕資料逐漸浮出水面。 據說， 曾有人建議袁世凱除掉宋教仁， 但袁世凱非常不悅， 他說：“事情本來就已經夠亂了， 如果還殺宋教仁， 豈不叫事情更亂？”
可見， 袁世凱并沒有殺宋教仁的念頭。 但是， 即使這則史料屬實， 也只能證明袁世凱當時不想殺，
歷史學家唐德剛先生認為， 袁世凱極可能沒有下令刺殺宋教仁， 但有人見袁世凱視宋教仁為心頭大患， 便自以為是的望風承旨， 自作主張刺殺宋教仁， 以求取悅袁世凱。 這位望風承旨者， 正是袁世凱的六姨太的近親、心腹洪述祖， 他收買了一位失業軍人武士英， 將宋教仁刺殺。
唐先生的推測不無道理， 因為宋教仁臨終前， 還希望給袁世凱上書。 可見， 宋教仁即使已經遇刺， 但他仍不相信袁世凱有此歹心， 否則又何必掙扎著上書？
民國諸革命大佬雖認為袁世凱是刺殺宋教仁的罪魁禍首， 但如何對待宋教仁遇刺案，
另一派只有極少數人， 主張武力討伐袁世凱， 這派人以孫中山為首。 孫中山認為， 袁世凱就是刺殺宋教仁的兇手， 讓兇手審理兇手， 豈不滑稽？所以， 他不顧眾人反對， 決意動武， 發起二次革命。
有歷史學家認為， 袁世凱雖然未必是刺宋兇手， 但他巴不得孫中山動武。 因為他雖然名義上是民國總統， 但事實上各省各自為政， 擁兵自保， 稅收全被地方政府截留， 政府既收不到稅， 也無法調令地方軍閥， 更不能無故動武， 只能靠舉債度日。 孫中山一旦舉兵討袁，
二次革命爆發后， 袁世凱大肆抓捕革命黨人， 并乘機武力反擊。 孫中山的部隊， 哪是袁世凱的正規軍的對手， 結果被北洋軍殺得損失慘重， 孫中山被迫流亡日本。
此役， 據歷史學家估計， 革命軍犧牲人數高達上萬。 而袁世凱乘機滲透勢力， 北洋軍源源不斷地進入南方各省， “除了廣西、貴州、四川、云南四省外， 其他各省均已成為北洋軍及其附屬軍的控制范圍， 即便是以上四省， 還有山西的閻錫山、東北的張作霖， 在袁大總統的威勢之下， 哪里還敢心懷異志（唐德剛語）”。