司馬氏殺孽太深， 也不能完全怨桓玄造反。
桓玄是東晉權臣桓溫之子， 從小聰明過人， 深得桓溫喜愛。 長大成人后， 桓玄生得氣宇軒揚， 神態爽朗， 博通藝術， 善于文章， 又因出身門第頗高， 極其自負。 可惜， 朝廷因其父桓溫生前有謀反嫌疑， 始終不愿重用桓玄， 桓玄長年擔任中下級官員， 郁郁不得志。
終于有一天， 桓玄忍無可忍， 憤憤道：“父為九州伯， 兒為五湖長！”于是毅然離職而去， 回到封地南郡。 途中經過建康， 桓玄特意拜訪了宰相會稽王司馬道子。 司馬道子設宴款待桓玄。 不料， 酒過三巡， 頗有醉意的司馬道子卻當著眾人的面，
桓玄大吃一驚， 嚇得長跪不起。 司馬道子也頓覺失言， 場面一度非常尷尬。 幸虧有人在一旁打圓場， 才使得尷尬的氣氛有所緩解， 不至于發生沖突。
但事后桓玄無比記恨司馬道子：姓司馬的算個什么東西！我父親即便造反， 也是堂堂正正的奪權， 不像你無恥的祖宗司馬懿、司馬昭， 欺負孤兒寡母， 那是男人該做的事嗎？
桓玄回到南郡后， 雖然不再擔任朝廷官職， 但他已繼承桓玄南郡公的爵位， 其家族在當地經營多年， 具有強大的勢力。 后來， 桓玄居然利用家族勢力， 卷土重來， 兼并殷仲堪和楊佺期兩大軍閥勢力， 殺入朝廷， 除掉仇人司馬道子， 把持朝政， 跟隨其父的步伐也成為權傾天下的權臣。
但與桓溫不同的是， 桓玄的野心更大。 桓溫生前， 也想過稱帝， 但畏懼人言， 猶豫不決， 終于抱憾而終。 而桓玄根本不在乎輿論攻擊， 他稱帝的決心， 駟馬難追。
那么， 桓玄為何如此執著于稱帝呢？這固然是因野心作祟， 但又不僅如此， 桓玄稱帝也是為報仇。 桓玄與司馬氏有不共戴天之仇， 他的祖先是曹魏大司馬桓范， 因卷入高平陵政變， 被司馬懿所殺。 司馬氏下手極其慘毒， 桓范一脈幾乎被司馬氏斬盡殺絕， 幸虧他有個兒子僥幸躲過一劫， 這才有權臣桓玄。
大亨元年（403年）， 桓玄抓緊奪權的步伐， 先是加自己的冠冕為十二旒（皇帝規格）， 以試探朝野反應。 見影響不大， 一月后， 他于是逼晉安帝司馬德文禪位。 該年十二月三日，
值得一提的是， 桓玄剛登基， 宮中就發生了一件不吉之事。 桓玄舉行登基典禮后， 回到宮中， 坐在龍床上， 不料龍床突然坍塌。 桓玄突然有種不祥的預感， 眾臣見狀， 無不大驚失色。 大臣殷仲文卻乘機溜須拍馬， 連忙恭喜桓玄， 說了10個字：“圣德太厚， 大地無法承受。 ”
桓玄聽到這話， 立馬轉憂為喜。 不過， 這終究只是自欺欺人罷了。 桓玄的土皇帝只當了半年， 東晉各地軍閥紛紛起兵征討。 當然， 這倒未必是軍閥們多么忠于晉室， 而是他的不愿意桓玄打破平衡， 他們需要一個弱勢的皇帝， 這樣才能夠維持朝廷與地方的勢均力敵，
公元404年6月， 桓玄被名將劉裕擊敗， 企圖逃入西蜀， 結果被益州督護馮遷殺死， 年僅36歲。