火影忍者中組織不少， 其中大家最熟息的莫過于這幾大組織。
忍刀七人眾
忍刀七人眾是水之國最著名的組織， 每一個人都擁有一把著名的忍刀， 這七把忍刀原本是一代水影的佩刀， 后面成為水之國的國寶， 每一把忍刀都可以大幅度提升擁有者的實力， 大家印象最深刻的莫過于再不斬的斬首大刀跟鬼鮫的鮫肌。
三忍
木葉三忍相信大家并不陌生， 綱手、自來也跟大蛇丸在火影忍者中出場率都很高， 而且每一個實力都很強， 尤其是自來也， 擁有仙術， 大蛇丸擁有科技， 綱手恢復之術是火影忍者中最強的。
曉組織
曉組織是火影忍者前期最強的反派， 佩恩擁有輪回眼跟六個分身， 每一個實力都很強大， 很多尾獸都被曉組織跟抓了， 就差八尾跟九尾， 曉組織成員每一個都是S級的叛忍， 都擁有影級的實力。
尾獸
火影忍者中尾獸是每一個國家都一直想要控制的存在， 在火影忍者中尾獸代表的就是力量， 一旦控制了尾獸就能得到強大的力量， 尤其是那龐大的查克拉量， 每一個尾獸擁有的查克拉都很驚人。
第七班
擁有鳴人跟佐助這兩大強者， 小櫻在旁邊看就行， 單單佐助一人就可以毀滅一個大國， 鳴人也有這實力， 作為火影忍者中的男一跟男二， 鳴人跟佐助從小斗到大， 鳴人跟佐助也是不打不相識。