1945年8月6日美國在日本廣島和長崎率先使用核武器， 這開創了人類戰爭歷史的一個新紀元。 1945年5月， 美國總統哈里·杜魯門獲得了幾個日本城市的名單， 而美軍將對這些城市進行核打擊。
作為主要目標， 杜魯門選了四個城市。 京都作為日本工業的主要中心， 廣島是擁有大量彈藥庫的最大軍事港口；由于是瀕臨日本海的重要工業城市， 新潟也成為目標， 而小倉作為日本軍事工業最強大的地區之一而落入攻擊名單。
請注意， 長崎最初不在此列表中；根據美國軍方的說法， 核轟炸目標地區的重要性越高，
京都從一開始就是核轟炸的主要目標， 這個城市不僅具有最有價值、最重大的軍事目標；而且在這里聚集了日本科學家， 各種技術人才和文化知識分子及其大量的文物古跡， 可以說核轟炸后將摧毀日本的文明。
然而， 這正是美國軍隊所需要的；美國高級將領甚至堅定認為京都坐落在盆地中， 將會加強核爆炸的力量， 大大增加了受害者的數量， 從而加速結束戰爭避免美國軍人的傷亡。
令人驚訝的是， 由于美國陸軍部長亨利·史汀生的多愁善感， 京都避免了可怕的命運。 亨利·史汀生年輕時曾在這座城市生活過， 他了解和欣賞京都的美麗和文化，
美國陸軍部長亨利·史汀生同時也指出京都對日本人的心理來說有著重要的意義， 如果將其毀滅會造成日本其他地區人民的憤慨， 從而給以后的管理帶來很大的困難。
由于“曼哈頓工程”負責人萊斯利·格羅夫斯等一直堅持要對日本京都進行核轟炸， 美國陸軍部長亨利·史汀生不得不上書總統強調京都的歷史和文化意義以求獲得同意。
經過種種考慮， 當時的美國的總統杜魯門同意了亨利·史汀生的要求；雖然萊斯利·格羅夫斯等很不高興， 但還是同意了用長崎來代替京都。 1945年8月9日11點02分原子彈在長崎落下， 瞬間21千噸的爆炸讓數萬人失去了生命。