有很多漫畫家喜歡在初期埋下伏筆， 以便在後期劇情發展的時候可以產生一些神轉折或彩蛋， 但是火影忍者完結這麼久了當初挖好的坑為何還沒有填上呢？
一：斑當時獲得了輪回眼， 自己已經年齡過大， 活不長了。 為什麼斑將自己的輪回眼給了長門呢？而且長門好像小時候就有了輪回眼了， 為什麼斑會選擇這樣的一個人， 而沒有選擇帶土呢？那陣長門還小， 對於斑的計畫估計也沒有那麼多的想法， 一個孩子拿著這麼珍貴的東西， 是不是有點太草率了！按照道理來說呢， 給帶土的話， 比給長門要好，
二：大蛇丸一生就是在研究各種忍術， 各種禁術， 可是他的目的是什麼呢？如果是為了長生不老， 可是他已經會了， 就是來回換身體麼， 他到底想要什麼能力呢？想當世界第一， 沒那個想法；想要世界和平， 貌似也不可能；到底他的目的是什麼呢？還有就是大蛇丸被弄成叛忍以後， 為什麼要摧毀木葉呢？只不過換了個根據地而已， 有什麼了， 非要摧毀木葉， 殺死自己的老師嗎？
三：一代火影出名的忍術一個就是木遁， 還有一個就是仙術。 忍術的屬性咱這個另算， 因為這個東西是靠查克拉屬性所決定的。 主要就是仙術， 這個仙術到底從哪裡學的， 到現在也沒有一個交代。
四：在大蛇丸與三代火影的對決中， 大蛇丸使用穢土轉生之術通靈出初代火影和二代火影。 但第三個沒有通靈成功， 很多人都認為第三個人是四代火影。 從當集的劇情來看之所以沒能通靈出來是因為三代結印阻止了， 但後面的劇情又說是因為四代的靈魂被封印在死神的肚子裡。
五：飛段作為邪神， 開始出場還是比較神秘， 由於身體是不死的， 因此前半段都是被炸了埋在地下；後來角都被穢土轉生復活以後， 還納悶為什麼飛段不在自己身邊呢？我們能知道飛段在那個時期還是活著的，