守護忍十二士， 這是火之國的十二個守護者組成的一個組織。 在劇中也就是提起過幾次， 真正的十二個人是沒有見到過的， 只見過其中的成員阿斯瑪和地陸。
追忍部隊， 這個組織很多人都已經忘記了。 其實在火影忍者很早的時候就出現過一次， 是白冒充這個組織， 來帶走桃地再不斬的。
邪神教， 這是飛段加入的那個組織。 飛段的不死能力也是來源于這個組織， 由此可見這個組織有多么強大了， 但是這個組織之后就沒有出現過了！
根， 這個組織是木葉比較神秘的一個組織了， 屬于木葉的暗部，
殼組織， 這個組織是來自宇宙的一個組織， 是為了抓捕大筒木輝夜的， 同時也要帶走博人的眼睛， 這個組織可以說是最后的幕后黑手了， 輝夜都是它里面的人！