陰陽是平衡的， 有正義存在的地方勢必也有著與之相對的邪惡， 神奇寶貝世界也一樣， 在各個地區， 活躍著一些組織， 他們的口號並不符合當時人類的價值觀， 所以統稱為邪惡組織。
1.火箭隊
這個就不用我多介紹了， 真主角武藏小次郎喵喵就是火箭隊的， 火箭隊活躍在關都地區， 目的為捕捉強大或稀有的神奇寶貝， 以利用它們來奪取世界， 首領阪木。
2.熔岩隊
熔岩隊主要活動地點為豐緣地區， 目的是擴大陸地的面積， 增加人類的活動領域。 熔岩隊相信人類的發展與世界整體的幸福緊密連系， 認為人類和神奇寶貝的共存會阻礙他們的發展，
3.海洋隊
海洋隊的主要活動地點為豐緣地區。 海洋隊認為海洋是所有生命之源， 因此企圖擴大海洋的面積， 首領是水梧桐， 和熔岩隊的關係形容水火。
4.銀河隊
銀河隊的目標是控制帝牙盧卡和帕路奇亞， 創造自己的新世界。 由赤日率領， 活躍在神奧地區。
5.等離子隊
它們是合眾地區的邪惡組織。 等離子隊的目標是將神奇寶貝從人類手中分離出來， 並且到處演講其內容；但實質是想搶奪訓練家的神奇寶貝。 等離子隊還研究過蓋諾賽克特和比克提尼。 黑白二分裂成兩隊， 目的各不相同。
6.閃焰隊
在卡洛斯地區各處的街上都可以看到身著紅色西裝的集團。 似乎抱持著無論其他的訓練家或神奇寶貝發生什麼事，
阿羅拉的骷髏團因為實在太垃圾， 壓根就是一群小混混， 所以我沒有將其列入邪惡組織範疇， 以上組織你喜歡哪一個呢？
作者：孤狼