由于某種疾病導致的消化不良， 還有一種「奇怪的」消化不良：患者異常痛苦， 每天都感覺胃部各種不舒服， 但是卻查不出病因， 胃鏡檢查或是其他生化指標都顯示正常， 但是消化不良癥狀卻反復出現， 無法緩解。 這種消化不良在醫學上稱為「功能性消化不良」。
這種消化不良其實非常常見， 據歐美國家的調查表明， 普通人群中有消化不良癥狀的占19%~41%；我國的研究也發現， 我國人群的發病率在23%， 在消化專科門診幾乎能占到半數。 功能性消化不良不僅影響患者的生活質量， 而且構成相當高的醫療費用，
功能性消化不良的原因比較複雜， 其中包括胃腸道動力的障礙， 內臟的高敏感性， 心理精神的應激因素， 幽門螺旋桿菌感染， 腸道菌群紊亂等。 現在功能性消化不良的診斷標準應遵循羅馬IV標準：包括了餐後不適綜合征、上腹痛綜合征等亞型， 每種病癥提出了相應的診斷標準， 以主要癥狀、特徵性癥狀為核心， 加上癥狀出現的時限性要求（診斷前癥狀出現至少6個月， 近3個月符合診斷標準）， 反映了本病慢性、反復發作的特點， 強調上述各種檢查項目， 從而降低了器質性疾病的漏診率。
如何預防和治療功能性消化不良呢？目前還沒有統一的方案， 需要根據患者癥狀的嚴重程度、癥狀類型和發作頻率， 個體化原則， 採取綜合性的治療措施。
首先， 要避免與癥狀相關的因素， 特別是避免能夠引起癥狀的食物、刺激性的食物、含氣的飲料等等。 這個因人而異， 有些吃某種特定的食物會引發相應的癥狀， 就應有意識的避免這些食物， 不能看到別人吃沒事，
其次， 建立良好的生活飲食習慣， 戒除煙酒， 慎重服用非甾體類抗炎藥。
第三， 有針對性地進行飲食和生活方式的調整。 對于早飽， 有條件的可以少食多餐， 根據自己的情況， 適當吃一些營養高、能量全的食物。 應根據自身條件加強運動， 適當的運動可以幫助促進胃腸蠕動。
在上述治療無效的時候， 可以選用藥物治療。 主要包括一些對癥治療的藥物， 比如有腹脹、早飽癥狀時， 可以使用促動力劑、消化酶；有上腹燒灼感時，