火影剛開始連載的時候， 岸本沒想過這部作品會成為如此知名的大作， 所以一開始設計的很多設定都跟後來的設定有所不同， 甚至很多中期臨時想出的設定， 也在後期被放棄了。
1.屬性相克
屬性相克就是中期臨時想出來的設定。 在火影早期， 屬性相克也許存在， 但不明顯， 岸本也沒有明確地在哪場戰鬥中提到過屬性的問題。
到了中期鳴人修煉螺旋手裡劍的時候， 屬性相克才正式被提出， 當時很明顯給人一種「補充設定」的突兀感。
為了降低突兀感， 岸本緊接著設計了佐助vs迪達拉（雷克土）、卡卡西vs角都（雷克土）的戰鬥， 著重表現屬性相克的重要性， 由于反響普遍不好， 後期基本不再提了。
2.任務體系
任務系統是從一開始就有的設定， 忍村最主要的收入來源有兩個， 一個是國家撥付的軍費， 另一個就是接受委託、派忍者們執行任務獲取酬金。
任務分為S、A、B、C、D五個級別， 公式書裡還特別注明了每個忍者執行任務的次數， 很明顯是要把劇情設計成「主角團接任務→執行任務→擊敗強敵→繼續接下一個任務」這種模式。
波之國篇就是很典型的這種王道冒險套路， 然而波之國結束後， 岸本捨棄了這種套路， 開始走自己的路線， 任務系統因此愈發雞肋。 縱觀整部火影， 有任務體系或沒有任務體系基本沒區別。
3.國家格局
這個設定其實跟任務體系的設定是有聯繫的， 岸本從一開始就設計了一個龐大的忍界， 這個世界有很多忍者村， 忍村之上還有很多國家， 本意是讓主角團隊周遊各國冒險。
不得不再提一下波之國篇， 波之國、霧隱村、雇傭兵等等元素， 確實是岸本一開始所鋪墊的國家格局的一環。
但現在回憶一下，從中忍考試開始，其他國家和忍村的戲份直線下降，基本上只有風之國砂隱村還略有存在感，其他忍村只是在第四次忍界大戰中打了個醬油，如此龐大的世界觀根本沒派上用場。
4.血繼限界
說到血繼限界，很多人可能會說「血繼限界不是從開頭一直到完結都是重點嗎？」確實，血繼限界直到完結都是劇情的核心，但後期的血繼限界跟早期的血繼限界是不一樣的。
我們回顧一下疾風傳之前的血繼限界，本意是一種「血統的能力」，有寫輪眼這樣的瞳術、有冰遁這樣的複合屬性、有左近右近這樣的分身合體、有君麻呂這樣的特殊體質。
後期的血繼限界其實被簡化了，簡化成屬性+屬性=複合屬性，像雙魔之攻、屍骨脈這種特殊的血繼限界基本不再出現，甚至有了血繼淘汰、血繼網羅，已經成了屬性組合的設定。
看看這四個被改變的設定，如果當初岸本沒有做出大幅度的更改，說不定火影不是現在的樣子。主線劇情不會推進得那麼快，角色們不會沒有發揮的空間，主角團將遊歷整個忍界、碰上不同的人、發生不同的故事、見識多種多樣的奇特血繼限界、考慮著屬性相克進行戰鬥、幫助火之國與其他大國爭鋒……我想這樣的劇情應該比後來一崩到底的「戰爭與和平的爭論」要好看得多。
但現在回憶一下，從中忍考試開始，其他國家和忍村的戲份直線下降，基本上只有風之國砂隱村還略有存在感，其他忍村只是在第四次忍界大戰中打了個醬油，如此龐大的世界觀根本沒派上用場。
4.血繼限界
說到血繼限界，很多人可能會說「血繼限界不是從開頭一直到完結都是重點嗎？」確實，血繼限界直到完結都是劇情的核心，但後期的血繼限界跟早期的血繼限界是不一樣的。
我們回顧一下疾風傳之前的血繼限界，本意是一種「血統的能力」，有寫輪眼這樣的瞳術、有冰遁這樣的複合屬性、有左近右近這樣的分身合體、有君麻呂這樣的特殊體質。
後期的血繼限界其實被簡化了，簡化成屬性+屬性=複合屬性，像雙魔之攻、屍骨脈這種特殊的血繼限界基本不再出現，甚至有了血繼淘汰、血繼網羅，已經成了屬性組合的設定。
看看這四個被改變的設定，如果當初岸本沒有做出大幅度的更改，說不定火影不是現在的樣子。主線劇情不會推進得那麼快，角色們不會沒有發揮的空間，主角團將遊歷整個忍界、碰上不同的人、發生不同的故事、見識多種多樣的奇特血繼限界、考慮著屬性相克進行戰鬥、幫助火之國與其他大國爭鋒……我想這樣的劇情應該比後來一崩到底的「戰爭與和平的爭論」要好看得多。