動漫火影忍者中， 大蛇丸一直被稱為是忍界第一科學家， 大蛇丸曾經是三代火影的學生， 後來叛出木葉村之後， 大蛇丸加入到了曉組織中， 成為了曉組織的成員之一， 在曉組織中， 大蛇丸分別嘗試過奪取佩恩的輪回眼還有宇智波鼬的寫輪眼， 但最後都是以失敗告終。
在兩次行動失敗之後， 大蛇丸叛逃出了曉組織， 成為了曉組織的叛忍， 但是曉組織卻沒有就這樣放過大蛇丸， 在動漫之中， 大蛇丸離開之後， 曉組織也開始了對大蛇丸的追殺之旅， 而作為大蛇丸曾經的隊友， 赤砂之蠍也成為了追殺大蛇丸的主力輸出。
不止是赤砂之蠍想要殺了大蛇丸， 大蛇丸何嘗不想殺了蠍， 他們兩人之間倒是沒什麼仇恨， 就是互相看對方不爽， 曉組織裡就沒幾個看大蛇丸過得去眼的。 赤砂之蠍有殺掉大蛇丸的實力， 誰能想到砂隱村歷代最強的風影三代風影竟然死在蠍的手裡。
忍者之間交戰， 對方情報瞭解多少非常重要， 如果蠍沒死在千代婆婆和小櫻手裡， 那之後他就會去天地橋與大蛇丸和兜交戰。 之後大和假扮蠍去了天地橋， 從兜和大蛇丸的對話中得知他兩也不知道蠍的真面目是什麼， 兜誤以為大和就是蠍， 大蛇丸則是因為認識大和（就他搞實驗存活下來的）知道蠍沒來。
小櫻嘴也牛氣， 對方問到蠍怎麼沒來， 小櫻說我們贏了。 憑良心說對付蠍小櫻也就是打個輔助， 傀儡師之間交手她發揮作用不大， 千代婆婆還總的關照她。 蠍輸了那一戰是因為心有死意， 他不想和至親交手也不想殺掉至親， 不然他也不會被爸爸和媽媽傀儡殺掉。
蠍對上大蛇丸的話， 大蛇丸根本不懂傀儡術， 就不會像千代婆婆那麼從容， 只要核心不被破壞蠍受到任何傷害都是無所謂的， 就看大蛇丸能不能發現這點， 蠍在與千代婆婆和小櫻對戰時也沒有用處全部實力， 他背上還有兩個卷軸沒使用， 只用了最上邊的紅秘笈。 設定中蠍也是曉組織除了老大佩恩之外唯一一個擁有滅國實力的忍者。
同樣的大蛇丸這邊蠍也不瞭解， 大蛇丸精通轉生， 即便敗了也很難被殺死， 第四次忍戰能活過來還多虧佐助呢， 大蛇丸肉身死亡， 也可以靠種在別人身上的咒印再生， 咒印裡有他的查克拉。 一旦咒印被封印或者裡邊殘存的大蛇丸的查克拉過少， 那大蛇丸就永遠長眠了。 大蛇丸即便是雙手恢復純實力來說也不是多強， 對付那麼老的三代火影時他都是處於劣勢的， 不然也不必用穢土轉生， 此前大蛇丸殺掉四代風影也是靠的偷襲。 大蛇丸總是研究喪心病狂的忍術才讓人覺得可怕。
大蛇丸原本對付蠍是依仗兜是他這邊的， 陰蠍一把， 這不會有效果的， 兩人真打起來的話很大機率不會有結果， 劣勢一方會逃走到不了分生死， 除非蠍心存死意， 不然再是打不過也可以用各種方式逃走， 能飛的能鑽地的什麼樣的傀儡沒有， 數量還超級多， 隨便附身在一個上邊就好。