司馬遹出生在278年， 字熙祖， 小字沙門， 晉武帝司馬炎之孫， 晉惠帝司馬衷長子， 母才人謝玖， 西晉太子。
他的母親謝玖原來是晉武帝后宮的才人。 晉惠帝做太子時， 將其納妃， 晉武帝擔心太子年紀小， 不知道床笫之事， 于是派遣自己的才人謝玖到東宮侍寢， 由此有了身孕。 太子妃賈南風善妒， 謝玖害怕兒子和自己受害， 于是向晉武帝請求回去西宮。 回西宮之后生下了司馬遹。
司馬遹幼年聰慧， 很受祖父晉武帝的喜愛， 常陪伴在晉武帝身邊。 可當他都長到三四歲了， 晉惠帝還不知道有這么個兒子。 司馬遹有一次和其他皇子一起在殿上嬉戲，
司馬遹五歲時， 宮中有一次晚上失火， 晉武帝登樓遠望火勢。 司馬遹見了， 立即拽著晉武帝的衣襟到暗處。 晉武帝問他為什么要這樣做， 司馬遹說：“晚上這么倉促的時候， 就應該對一切變故有防備之心， 不應該讓火光照見陛下。 ”晉武帝因為這件事更加認為他是奇才。
還有一次司馬遹跟著晉武帝觀看豬圈， 看著看著有了想法， 對晉武帝說：“既然豬那么肥， 為什么不殺掉來犒勞將士大臣， 而是讓它們在這里浪費糧食呢？”晉武帝認為他的想法很好， 于是馬上讓人殺掉這些豬賞賜群臣，
有望氣占卜的方士說， 廣陵那個地方有天子之氣， 所以晉武帝便封司馬遹為廣陵王， 食邑五萬戶。 太熙元年(290年)， 晉惠帝司馬衷即位， 立司馬遹為皇太子。
年紀稍微大了一點后， 身為太子的司馬遹卻不好學了， 每天只知道和身邊的人嬉戲胡鬧。 皇后賈南風從平時就嫉妒司馬遹名聲好， 因此正好趁這個機會暗地讓宮內的宦官到司馬遹那里鼓勵他及時玩樂、殘暴刑法等。 于是， 司馬遹怠慢松弛日益明顯， 還常常不上朝侍奉， 不聽勸言。
元康九年(299年)十二月， 賈后想要廢掉太子司馬遹， 詐稱皇上不舒服， 將司馬遹誘進宮中。 等他到了， 賈后又不和他相見， 把他安排在別室， 派婢女陳舞逼司馬遹吃掉事先準備的醉棗， 司馬遹便醉得不行。 再讓黃門侍郎潘岳打了個草稿， 模仿司馬遹平常的口氣， 讓小婢女拿紙筆和草稿讓司馬遹抄寫下來。
司馬遹迷亂不能辨別， 就依從著寫， 筆畫不全的部分， 賈后又令潘岳補上。 這份抄寫的文字中寫到：“皇上、皇后你們快點自動退位吧， 你們不自動退， 我就進宮廢掉你們。 然后我做皇帝， 蔣美人為皇后。 ”
賈后把它呈給晉惠帝， 晉惠帝駕幸式乾殿， 召見公卿， 讓黃門令董猛把司馬遹寫的和青紙詔書上寫著：“太子寫這樣的話， 現在我下令賜他死。
第二年(300年)正月， 賈后讓一個宦官自首說自己與太子司馬遹打算謀反， 想要徹底毀掉司馬遹。 晉惠帝下詔把自首宦官的供詞頒示公卿。 又派司馬澹帶一千兵眾護送司馬遹， 另外幽禁在許昌宮的別坊中， 讓治書御史劉振持節守衛著。
在此之前， 有童謠說:"東宮馬子莫聾空， 前至臘月纏汝合。 ”又說：“風起兮吹白沙， 遙望魯國郁嵯峨， 千歲髑髏生齒牙。 ”南風， 是賈后的名字；沙門， 是司馬遹的小名。
他死后， 晉朝發生了中國歷史上最為嚴重的皇族內亂之一——“八王之亂”，
司馬遹一代英才， 本有機會創造大朝盛世， 不想卻落得如此下場， 甚是可惜。
參考資料：《晉書．列傳第二十三．愍懷太子》、《資治通鑒》