這部動漫是改編自游戲， 文久三年。 倒幕派擊敗了佐幕派， 刀劍的時代宣告結束―――幕末時代。 作為刀劍男士的堀川國廣和曾經一同被主人用作戰斗武器的和泉守兼定， 奔跑在雨中的山路。
刀劍男士在審神者的激勵下， 開啟了付喪神的道路。 他們的使命是將企圖改變歷史的時間溯行軍打倒， 以守護"正確的歷史"。
與陸奧守吉行、藥研藤四郎、蜻蛉切、鶴丸國永這些新的伙伴一起， 在動蕩的時代投身到與時間溯行軍的戰斗中。 刀刃揮舞， 刀光劍影。 刀劍男士、即刻出陣。
鶴丸國永是平安時代的刀工， 五條國永的作品，
蜻蛉切， 刀工村正一派的藤原正真打造的長槍。 被稱為天下三名槍之一。 名字的由來是停留在刀尖的蜻蛉被截成兩段的傳聞。 性格質樸誠實， 主要出征在戰國時代。
藥研藤四郎， 粟田口吉光打造的短刀。 名字的由來是藥研鋒利度出眾但卻不會切主人之腹。 性格沉著冷靜， 對任務忠實的身經百戰的刀劍男士。
和泉守兼定， 幕末時期活躍的刀工?兼定的作品。 新撰組副組長?土方歲三愛用的打刀。 兼具美觀和實力， 受 前面的持有者的影響， 性子較急。