動畫中皮卡丘是陪伴小智最久的寶可夢， 也是最可靠的好麻吉， 但是皮卡丘畢竟是生物， 它有時候會被控制， 這個時候它就變得邪惡， 那麼就跟我一起來回顧一下吧。
1.催眠
小智一行人下船之後發現當地居民被寶可夢襲擊， 緊接著皮卡丘和波克比也變得奇怪起來， 甚至想要攻擊小智， 這讓眾人非常詫異， 之後寶可夢都失去了蹤影， 從趕來的君莎小姐這裡得知這裡的寶可夢異常好多天了， 只有自己的鬼斯沒事，
初代鬼系免疫超能系， 這點別搞錯了。
緊接著火箭隊三人組的喵喵也被控制了， 結果火箭隊發現這個事情是他們同事小三郎和亞馬多搞的鬼， 是他們使用素利普使用催眠術控制了這些寶可夢， 火箭隊三人組的寶可夢也被控制， 一氣之下武藏和小次郎和小智君莎等人合作， 假裝認錯進入亞馬多和小三郎的秘密基地，
不過強無敵的素利普輕鬆控制了大批的寶可夢， 小智等人完全無計可施， 但是在素利普控制了皮卡丘之後， 小智想到瞭解決辦法， 他引誘皮卡丘對自己攻擊， 並引導攻擊破壞了素利普的催眠擴大裝置， 素利普失去了如此廣闊的控制源， 于是大部分寶可夢都被解除了控制，
2.藍色寶珠原始回歸皮卡丘
為了阻止火巖隊和水艦隊喚醒蓋歐卡和古拉頓的瘋狂計畫， 小智一行人前往火巖隊阻止首領赤焰松， 但是赤焰松並不打算停止這個可怕的計畫。
在爭奪藍色寶珠的過程中， 皮卡丘拿到了藍色寶珠， 但是藍色寶珠擁有極為恐怖的力量， 直接控制了皮卡丘的心智， 並且身上出現了奇怪的花紋， 發狂的皮卡丘瞬間秒殺了火巖隊的寶可夢， 不過獲得巨大力量是有代價的， 皮卡丘耗費巨大體力昏厥過去， 看起來不是蓋歐卡古拉頓還真沒辦法駕馭這股力量。
藍色寶珠讓皮卡丘釋放出的大量電能把古拉頓喚醒， 蘇醒的古拉頓加上皮卡丘直接把蓋歐卡吊著打， 畢竟2打1， 甚至有了紅色寶珠， 皮卡丘的十萬伏特提升後居然擊破了蓋歐卡的水炮！
消耗了大量能量的水梧桐和皮卡丘最終還是無法完全掌握珠子的力量，換句話說珠子本就不屬于它們，珠子之後自動脫離，兩者融合化為灰燼，皮卡丘也恢復正常。
動畫中蓋歐卡和固拉多的爭鬥並沒有裂空座的介入。
3.電波控制
皮卡丘再次被阿克羅瑪的裝置擊中，又一次發狂開始攻擊隊友，不過這個時候小智再一次站了出來，他不顧被皮卡丘電擊的危險前去擁抱皮卡丘，雖然被猛烈的電擊，小智卻依舊沒有鬆手，但是這一次電波強力更多，小智的話沒有起到作用，這時候N站出來交出了光明石，與之交換，阿克羅瑪解除了控制皮卡丘的電波。
畢竟這電波之後連萊西拉姆都能控制，並不能正面小智和皮卡丘羈絆不夠深。
消耗了大量能量的水梧桐和皮卡丘最終還是無法完全掌握珠子的力量，換句話說珠子本就不屬于它們，珠子之後自動脫離，兩者融合化為灰燼，皮卡丘也恢復正常。
動畫中蓋歐卡和固拉多的爭鬥並沒有裂空座的介入。
3.電波控制
皮卡丘再次被阿克羅瑪的裝置擊中，又一次發狂開始攻擊隊友，不過這個時候小智再一次站了出來，他不顧被皮卡丘電擊的危險前去擁抱皮卡丘，雖然被猛烈的電擊，小智卻依舊沒有鬆手，但是這一次電波強力更多，小智的話沒有起到作用，這時候N站出來交出了光明石，與之交換，阿克羅瑪解除了控制皮卡丘的電波。
畢竟這電波之後連萊西拉姆都能控制，並不能正面小智和皮卡丘羈絆不夠深。