2021年， 這部經歷了26個春夏秋冬的動漫經典， 終於迎來了那個「怕他不來， 又怕他亂來」的大結局。
同年， 《再見了所有的福音戰士》的紀錄片也走進漫迷們的視野，
這部年少時未曾看懂過的動畫， 長大後依然只能嘗試去看懂而已。 我相信每一個看過eva的人， 都會擁有屬於自己的衝動， 感動， 激動和百思不得其解。
這一次， 我斗膽嘗試來解讀這部無數80後90後心中的經典，
我會從三個章節——「起源」「天使之戰」以及「人類補完計畫」來分析eva晦澀的故事情節， 同時也分享自己對eva的感覺。 由於新舊劇場版對eva的世界觀詮釋有了非常大的變化，
當中關於動畫劇情的解讀參考了諸多大神的真知灼見， 但對於eva的感受， 全都是半隻貓自己的親身體會。
很久很久以前， 上帝誕生， 上帝在他命名為「月」的載體上撒下了生命的種子，
生命之樹孕育了亞當和莉莉絲， 也就是eva世界觀中的第一使徒和第二使徒。
亞當和莉莉絲誕生之後， 生命之樹開始枯萎， 最後根須變成了朗基努斯之槍。
在西元40億到46億年前，一顆隕石撞擊了地球的南極，這顆隕石就是白之月，而白之月裡面便是第一使徒，亞當。
亞當蘇醒後孕育了第3使徒到第17使徒，這些使徒分散到地球上的各處，他們和平地生活在地球上。
可是在西元前40億年前，另一顆隕石撞擊了地球上的日本區域，這顆隕石便是黑之月，黑之月裡面是第二使徒——莉莉絲。
這次撞擊導致了兩個結果，第一，便是隕石裂開之後由於地球的引力形成了現在的月球，正如我們的科學史冊所記載的那樣。
而另一個結果，便是撞擊使得亞當以及其餘使徒進入了休眠的狀態，這次撞擊被人類譽為第一次衝擊。
衝擊導致了莉莉絲流出自己的體液，一種黃色的生命之水。也就是動漫中頻頻提到的LCL液體。
L.C.L（Link Connect Liquid），直譯是，連結液體。
在動畫中lcl有很多存在的形式，最早認識的lcl的樣子，就是eva機甲的[插·入]栓中的淡黃色粘稠液體，帶有血腥味。Eva駕駛員就是在這樣的液體中操縱eva，
駕駛員搭乘後，由電核重組分子組成，將駕駛員的神經與EVA充分連接。
Lcl的來源是第二師徒莉莉絲流出的體液，正是因為這黃色的體液流進了地球的大海，才蘊育出了生命，才有了人類的存在。因此也可以稱之為生命之水。
在舊劇場版的結尾，人類補完計畫開始實施，人類的AT力場被中和，人類重新化為了lcl液體，彙聚到一起後，形成了lcl之海。
莉莉絲孕育出了人類，片中又稱為lilin，因此莉莉絲便是人類的始祖，而第一次衝擊，就相當於人類的起源。
亞當孕育了使徒，莉莉絲孕育了人類。
但使徒和人類卻有天差地別。這是因為，亞當在被上帝創造時賜予了生命果實，也就是後面會提到s2機關。而莉莉絲被賜予了智慧果實。亞當孕育的生命擁有生命果實的力量，顧名思義擁有特別頑強的生命力，片中的使徒自然壽命都已經達到了幾十億年，而且他們還有更為強大的AT力場，最主要的，是他們可以一個共同體的形態存在。
而擁有智慧果實的人類，自然壽命往往只有幾十年，也沒有如此強大的力場，最主要的，人類是以群體的形態存在，或者理解為，神的力量被分散了。
這裡做一個名詞解釋
「AT力場」是「Absolute Terror Field」的縮寫。直譯作「絕對恐怖領域」，又稱絕對領域。
視覺化的AT力場呈金色套合多邊形狀，在動畫的開始階段，擁有強大AT力場的使徒幾乎能抵擋人類所有常規武器的攻擊，只有另一個AT力場才可能將其中和，而利用亞當和莉莉絲的生活之源複製出來的eva就擁有強大的AT力場，所以才能與使徒進行戰鬥。
AT力場是一個充滿了靈魂物質的空間，靈魂物質在該空間內按照一定的規律排列和運動，力場整體對外有力的作用。
在LCL中游離著很多靈魂物質，靈魂通過AT力場的作用把這些靈魂物質聚集起來，就形成了絕對領域這種結構和靈魂一樣穩固的結構。
其實人類同樣擁有AT力場，正是因為AT力場的存在，才讓人類擁有了人型的樣子，如果AT力場消失，人類就將歸緣至最初的樣子——一灘黃水，也即LCL液體。
第十七使徒渚薰稱人類的AT 力場為「心之壁」。AT力場同時也是人類寂寞與痛苦的原因。就像長滿了刺豪豬，雖然感覺到寂寞，但卻無法與他人靠近，因為越靠近卻越是彼此傷害。
現實中，人類的AT力場表現為互相之間無法相互理解，從而產生拒絕。
男主角碇真嗣就是最好的案例。
繼續回到起源故事。
智慧果實和生命果實是不能夠同時擁有的，這是一種禁忌。
假如同時擁有兩種果實的話，便可媲美上帝，成為神一樣的存在。
由於人類，莉莉絲的後代也就是第18使徒擁有的是智慧果實，沒有生命果實的支撐，所以人類不能像其他使徒那樣形成一個完整整體的狀態，分裂出了無數心之壁脆弱的人類個體，並且會自然的死亡。
但是擁有了智慧果實，人類依靠自己的智慧發展科技最終成為了地球的主人。
不過人類因為心之壁分裂的原因，導致互相之間有不可能消除的隔閡，人類社會總是矛盾和爭端不斷。
後來，有人將上帝，亞當，莉莉絲，使徒，生命之果，智慧之果等等全都寫進了一本書裡，這本書名叫——死海文書。因在死海被人們所發現而得名。沒有人知道死海文書究竟從何而來，有說是古代人類所譜寫，也有人說是上帝親手創造。
我更相信死海文書，是曾經見識過神跡的古代人類所記錄的典籍。
死海文書一度沉寂，被人們所遺忘，直到1947年，再次被人類發現，上面記載了亞當以及莉莉絲和人類起源的來龍去脈，並且預言了未來的第二次衝擊，以及2000年之後的某一天，人類將打敗其餘所有的使徒，亞當與莉莉絲所孕育的生命必將歸還本體，也可以理解為新的輪回，重新生長出生命之樹，並產生新形態的生命體。
而亞當與莉莉絲歸還本體時，會引發第三次衝擊消滅世界上所有現存的生命。
聯合國組織決定封鎖死海文書傳遞的資訊，他們反對使徒回歸亞當引發第三次衝擊，並開始尋找亞當以及莉莉絲的蹤跡，企圖研究其中的奧秘。他們相信，如果自己可以同時擁有生命之果和智慧之果，他們自己也將成為神一樣的存在。
另一邊，一個名叫seele地下組織，也在謀劃著「人類補完計畫」的宏圖大業。
seele是什麼？seele在德語中是靈魂的意思。seele組織則是一個已經在地球上存在了幾百年的宗教組織，組織的標誌由七隻眼睛組成，也就是被人類囚禁的莉莉絲臉上的樣子。
Seele的成員一般並不直接露面， 都是以聲音的形式出現的
其數目加上人類補完委員會的成員共計12名，再加上男主角的父親碇源堂，一共13人，中心人物是基路議長，通過這位議長的裝備可以看出，他一直以現代科技所續命，並且這些議員的歲數都已經很大，被稱為「老人們」。
seele的目的不同於聯合國，他們認為人類本身的存在就是罪惡的，人類，無論是肉體還是心靈，都是由脆弱的物質構成，非常容易受到傷害。
而在人與人之間，心靈的世界是彼此隔絕的，要使人類向更高的領域進化，就必須使人的心靈擺脫軀體的束縛，重新回到人類的誕生之地「莉莉絲之卵」中。
唯有如此，才能最終拆除人與人之間的心靈屏障，使不同的心靈世界能夠相互補充，走向進化的更高階——融為一體。
在2000年，人類如願以償地在南極發現了白之月以及亞當。
SEELE在南極的白之月裡秘密建設基地，並招攬了當世最傑出的科學家。
經過多年努力，由葛城博士提出的S²理論完美地解釋了神之奧秘，之後人類便迫不及待地想進行S²理論的驗證實驗。
實驗前一個月，運來了從死海打撈起的朗基努斯之槍。
當時有一個名叫六分儀的年輕人，為了能夠進入seele組織，主動接近seele高層的女兒——碇唯，並不惜改掉了自己的姓氏，入贅到碇家。兩人成婚後，這個男人成功加入了seele，並成為了組織的第十三號成員。
這個男人，後來的名字就叫做碇源堂，也就是Nerv組織的碇司令，男主角碇真嗣的親生父親。
2000年第二次衝擊的前一天，碇源堂知道了seele幕後的計畫——利用聯合國的貪婪引發第二次衝擊，所以碇源堂在衝擊的前一天攜帶了大量的資料回到了日本，避開了這次災難。
2000年9月13日，S²實驗啟動，實驗人員將S²基因植入了亞當體內，之後，亞當果然蘇醒；
但緊接著以朗基努斯之槍封印亞當的行動卻沒有成功，聖槍沉入了海底；
驚恐之中，實驗人員只得按預定方案嘗試啟動了亞當的自爆系統，隨後，亞當的A.T 力場反轉，核心破碎，最終未能來得及發動創世紀就在一場大爆炸中灰飛煙滅。
人類雖然避免了滅頂之災，但仍引發了一場浩劫：
亞當自爆所釋放出的巨大能量造成南極冰川融化、整個南極變成了一片紅海，海平面上升，地磁偏轉、氣候異變、經濟崩潰、戰爭不斷……世界人口銳減二分之一，這次浩劫被稱作第二次衝擊。
第二次衝擊喚醒了所有的使徒，自此人類補全計畫也正式啟動。
而人們發現，地球上所發生的災難，與死海文書所記載的預言如出一轍，這顯然不是簡單的巧合。
在第二次衝擊中，南極考察隊的首席科學家葛城博士在臨爆炸的時候將自己的女兒裝進了保護艙裡，進而使得自己的女兒倖存了下來，這個女生就是後來主角所在的Nerv組織的作戰部長——葛城美裡。
在第二次衝擊發生差不多的時候，人類在日本的箱根發現了黑之月，裡面住著孕育人類之母——莉莉絲，seele馬上封鎖了消息並對外宣稱其箱根下面的是亞當並非莉莉絲，
並在日本箱根上面開始建立城市堡壘，用於抵抗未來使徒的進攻。在建立堡壘的同時設立了位於箱根地下的人工進化研究所（即NERV前身）。
2001年，第二次衝擊的第二年，男主角錠真嗣出生，而所有的eva駕駛員也都在同一年出生，還都在同一個班級裡。
又過了2年，2003年，聯合國和seele組織完成了對南極的考察，取回了由於亞當爆炸而分裂出的胚胎，主角母親碇唯的老師——冬月博士探訪了人工進化研究所，並質疑了政府對於第二次衝擊所公佈的資訊，
碇源堂沒有否認，轉而希望冬月可以加入他們，並對冬月說出了這句話「你是要一輩子賣糖水，還是跟我一起改變世界」，
哦不對，沒有前半句，只有一起改變世界。冬月動了心，於是也加入了人工進化研究所，成為了碇源堂的副手。
說到這裡，如果是沒有看過eva的，或者對故事背景並不是特別熟悉的夥伴，估計已經看得雲山霧繞了。
我覺得非常有必要，把剛剛提到的，聯合國，seele，碇源堂以及碇唯，他們每個人的計畫，再梳理一下。這樣才能真正理解之後的劇情。
首先說聯合國的計畫。
我們可以理解聯合國為保守派，他們是離散形態人類既得利益的守護者。前面有提到過，人類是第十八使徒，因為沒有生命果實的支持，所以只能以一個個離散的個體形式而存在。雖然這不一定是完美的狀態，但是人類已經在地球上生活了很久，並且憑藉著自己的智慧，擁有了難以想象的高科技，也發展了屬於自己的文明。所以聯合國作為現形態人類的代表，竭力要阻止使徒接觸亞當，阻止第三次衝擊。因為第三次衝擊，也意味著人類的毀滅。
而Seele組織，我們可以理解為是人類中的激進派。
表面上也是在阻止第三次衝擊的發生，但他們的真正目的其實是人類補完計畫。這也是整個劇集中一直圍繞著的主線，seele成員們一隻提到的劇本，就是為了最終人類補完計畫的完成而準備的。
那麼，「人類補完計畫」到底是個什麼計畫呢？
人類因為沒有生命果實的力量，因此AT立場也非常弱，表現形式，就是無論肉體還是心靈都非常容易受到傷害。而在人與人之間，心靈的世界是彼此隔絕的，要使人類向更高的領域進化，就必須使人的心靈擺脫軀體的束縛，重新回到人類的誕生之地「莉莉絲之卵」中。唯有如此，才能最終拆除人與人之間的心靈屏障，動畫中也叫「心之壁」。
這樣，不同的心靈世界就能夠相互補充，走向人類進化的終點——永生。
而要實現這一目標，seele組織就要嚴格按照死海文書中的預言，一絲不茍地照章執行，也就是所謂的劇本。
要實現人類補完，必須完成補完的儀式，要完成補完儀式，必須找到生命之樹，要找到生命之樹，就必須首先打敗神安排的守護者，也就是使徒。最終seele組織就是利用碇源堂所領導nerv打敗了所有的使徒，然後自己製造了量產機，用at力場的共鳴啟動了最後的儀式。這就是seele一直在做的事情。
接下來，是碇源堂。
儘管只有一個「人類補完計畫」，但是碇源堂和Seele卻同床異夢。碇源堂在自己的老婆碇唯沒死之前，他的野心已經在動畫中昭然若揭，想要得到亞當與莉莉絲之後自己成為神。原本他跟碇唯只是逢場作戲，但沒想到自己對碇唯的愛卻變得越來越真實和強烈，這種情感在妻子死的那一刻達到了頂點。所以他的計畫，也發生了一些改變，他下定決心要再次見到碇唯，但是首先必須要成為神。
最後，是碇唯的計畫，雖然碇唯與seele頗有淵源，但在碇唯心目中，她是不贊成SEELE的計畫的，她認為這種「妄圖控制神」的行為是在打開「潘朵拉的魔盒」。
她加入研究工作是為了防止第三次衝擊的發生，及研究如何用好EVA的技術，讓人類得到永生，永遠在宇宙中生存，留下人類在宇宙中活過的證明。
然而，在工作中，有一個問題，就是EVA的同步問題，究竟如何才可以好好地操控EVA呢？
答案，就是讓一個人的靈魂寄宿在EVA的核心當中，再讓駕駛員塔上EVA，讓兩個靈魂進行同步。而要使兩個靈魂能夠實現最佳的同步，兩個靈魂之間存在至親的關係無疑是最為合適的選擇，因此最佳方案就是用靈魂的子女作為駕駛員。所以我們發現男主角的同班同學們，其實都是eva的駕駛員候選人，而這些候選人基本上母親都已經去世。這不是巧合，而是他們的母親全都為了eva的實驗獻出了生命。
最典型的就是二號機的駕駛員——明日香，二號機的靈魂，就是她母親的部分靈魂。
而其他同學身上，其實也都能夠找到喪母的線索。只要你看的足夠仔細。
碇唯冥冥中已經預感到第三次衝擊無法避免，而作為母親，她竭盡所能希望能幫助自己的兒子躲過浩劫。
而讓兒子能夠躲過浩劫的最佳方案，就是讓他成為eva的駕駛員，甚至成為神。
於是碇唯在實驗中故意讓自己被吸入EVA初號機中，這樣一來，自己的兒子也就順理成章成為了初號機駕駛員最佳候選人。讓初號機成為第三次衝擊的諾亞方舟。
所以我們就可以理解，為什麼碇司令看上去那麼不待見自己的兒子，正是因為他，自己再也無法見到心愛的妻子了。
妻子的失去讓碇源堂悲痛不已，從此碇源堂暗地裡計畫著自己要成為神，為的就是和碇唯再次見面。
在此之前，碇源堂用第二使徒莉莉絲的體細胞加上碇唯的DNA製作出來的克隆人——淩波麗，作為莉莉絲的靈魂容器而存在，本質上可以看作是碇唯模樣的莉莉絲分身。
克隆實驗並不一帆風順，經歷了許許多多的失敗，所以也有許許多多淩波麗的克隆體，他們雖然是克隆體，但心智還是有所區別的。
然後，時間到了2008年，赤木直子博士完成了MAGI的基礎理論研究，赤木直子就是動漫中黃頭髮女科官赤木律子的母親。MAGI相當於人造的大腦，為人類採取行動提供重要依據，影響著人類命運的走向。赤木直子在MAGI中植入了自己的三個人格，分別為自己身為科學家的人格，自己身為母親的人格，以及自己身為女人的人格。
這三種人格加上超級電腦的演算法行成對事物立體的判斷。
2010年，MAGI系統最終建造完成。當日在研究所看到了以碇唯基因和人造人技術所創造出來的用於裝載莉莉絲靈魂的淩波麗1號，碇源堂創造淩波麗，為的就是以後將亞當與莉莉絲進行融合讓自己成為神。
赤木博士和碇司令之間也有曖昧的關係，
據我對碇司令的瞭解，他是在利用赤木博士，玩弄她的感情。
當他的目的達到以後，有一天晚上碇司令故意讓淩波麗1號用言語刺激赤木博士，導致了赤木生生地掐死了淩波麗1號，而赤木博士自己也因此跳下試驗臺自盡了。這樣一來，知道事情真相的人就又少了一個。
2010年同年，還有另一件大事，人工進化研究所經過改編，我們在動畫裡經常看到的NERV正式成立了，seele以及司令的計畫進入了下一個階段。
NERV
NERV，是SEELE的下屬執行機構，前身為GEHIRN（人類進化研究所），組織的首要任務就是按SEELE的指示執行「人類補完計畫」。
Nerv的logo是由nerv四個字母，以及半片樹葉組成。
這半片樹葉，並不是隨便半片樹葉，而是無花果樹葉，在聖經故事中亞當和夏娃偷吃的智慧果就是無花果。光從logo透露出的資訊，nerv的狼子野心就可見一斑。
字面理解的話，NERVE意為「神經」，不過NERVE中最後還有一個字母E，正好被樹葉遮蓋了，這特別諷刺，仿佛從logo裡就能看出nerv組織對上級機構seele並不是毫無保留的。
在碇司令和冬月主持之下，NERV確實漸漸與SEELE貌合神離。
Nerv的總部位於第三新東京市的地下都市，也就是黑之月，LILITH之卵的所在地。 活動內容一般向媒體公開，但絕大部分仍是最高機密。非常事態時，對國聯軍及國聯加盟國軍擁有絕對的指揮權。
Nerv的主力兵器，也就是我們非常熟悉的eva——泛用人型決戰陸上兵器，全稱——EVANGELION。宗教含義是福音的意思。
Eva是人類仿造第一使徒和第二使徒亞當和莉莉絲而成，因為使徒擁有長久的生命，人類希望自己也能活到天荒地老。所以叫新世紀福音戰士
Eva的真實面貌並不是動畫中我們看到的機甲。機甲是人類另外添加的，為了限制eva的活動。裡面的肉身才是eva的真身。機甲是人造產物，是需要充電的，如果沒有了外部電源的支撐，機甲的行動時間只能維持5分鐘。
在西元40億到46億年前，一顆隕石撞擊了地球的南極，這顆隕石就是白之月，而白之月裡面便是第一使徒，亞當。
亞當蘇醒後孕育了第3使徒到第17使徒，這些使徒分散到地球上的各處，他們和平地生活在地球上。
可是在西元前40億年前，另一顆隕石撞擊了地球上的日本區域，這顆隕石便是黑之月，黑之月裡面是第二使徒——莉莉絲。
這次撞擊導致了兩個結果，第一，便是隕石裂開之後由於地球的引力形成了現在的月球，正如我們的科學史冊所記載的那樣。
而另一個結果，便是撞擊使得亞當以及其餘使徒進入了休眠的狀態，這次撞擊被人類譽為第一次衝擊。
衝擊導致了莉莉絲流出自己的體液，一種黃色的生命之水。也就是動漫中頻頻提到的LCL液體。
L.C.L（Link Connect Liquid），直譯是，連結液體。
在動畫中lcl有很多存在的形式，最早認識的lcl的樣子，就是eva機甲的[插·入]栓中的淡黃色粘稠液體，帶有血腥味。Eva駕駛員就是在這樣的液體中操縱eva，
駕駛員搭乘後，由電核重組分子組成，將駕駛員的神經與EVA充分連接。
Lcl的來源是第二師徒莉莉絲流出的體液，正是因為這黃色的體液流進了地球的大海，才蘊育出了生命，才有了人類的存在。因此也可以稱之為生命之水。
在舊劇場版的結尾，人類補完計畫開始實施，人類的AT力場被中和，人類重新化為了lcl液體，彙聚到一起後，形成了lcl之海。
莉莉絲孕育出了人類，片中又稱為lilin，因此莉莉絲便是人類的始祖，而第一次衝擊，就相當於人類的起源。
亞當孕育了使徒，莉莉絲孕育了人類。
但使徒和人類卻有天差地別。這是因為，亞當在被上帝創造時賜予了生命果實，也就是後面會提到s2機關。而莉莉絲被賜予了智慧果實。亞當孕育的生命擁有生命果實的力量，顧名思義擁有特別頑強的生命力，片中的使徒自然壽命都已經達到了幾十億年，而且他們還有更為強大的AT力場，最主要的，是他們可以一個共同體的形態存在。
而擁有智慧果實的人類，自然壽命往往只有幾十年，也沒有如此強大的力場，最主要的，人類是以群體的形態存在，或者理解為，神的力量被分散了。
這裡做一個名詞解釋
「AT力場」是「Absolute Terror Field」的縮寫。直譯作「絕對恐怖領域」，又稱絕對領域。
視覺化的AT力場呈金色套合多邊形狀，在動畫的開始階段，擁有強大AT力場的使徒幾乎能抵擋人類所有常規武器的攻擊，只有另一個AT力場才可能將其中和，而利用亞當和莉莉絲的生活之源複製出來的eva就擁有強大的AT力場，所以才能與使徒進行戰鬥。
AT力場是一個充滿了靈魂物質的空間，靈魂物質在該空間內按照一定的規律排列和運動，力場整體對外有力的作用。
在LCL中游離著很多靈魂物質，靈魂通過AT力場的作用把這些靈魂物質聚集起來，就形成了絕對領域這種結構和靈魂一樣穩固的結構。
其實人類同樣擁有AT力場，正是因為AT力場的存在，才讓人類擁有了人型的樣子，如果AT力場消失，人類就將歸緣至最初的樣子——一灘黃水，也即LCL液體。
第十七使徒渚薰稱人類的AT 力場為「心之壁」。AT力場同時也是人類寂寞與痛苦的原因。就像長滿了刺豪豬，雖然感覺到寂寞，但卻無法與他人靠近，因為越靠近卻越是彼此傷害。
現實中，人類的AT力場表現為互相之間無法相互理解，從而產生拒絕。
男主角碇真嗣就是最好的案例。
繼續回到起源故事。
智慧果實和生命果實是不能夠同時擁有的，這是一種禁忌。
假如同時擁有兩種果實的話，便可媲美上帝，成為神一樣的存在。
由於人類，莉莉絲的後代也就是第18使徒擁有的是智慧果實，沒有生命果實的支撐，所以人類不能像其他使徒那樣形成一個完整整體的狀態，分裂出了無數心之壁脆弱的人類個體，並且會自然的死亡。
但是擁有了智慧果實，人類依靠自己的智慧發展科技最終成為了地球的主人。
不過人類因為心之壁分裂的原因，導致互相之間有不可能消除的隔閡，人類社會總是矛盾和爭端不斷。
後來，有人將上帝，亞當，莉莉絲，使徒，生命之果，智慧之果等等全都寫進了一本書裡，這本書名叫——死海文書。因在死海被人們所發現而得名。沒有人知道死海文書究竟從何而來，有說是古代人類所譜寫，也有人說是上帝親手創造。
我更相信死海文書，是曾經見識過神跡的古代人類所記錄的典籍。
死海文書一度沉寂，被人們所遺忘，直到1947年，再次被人類發現，上面記載了亞當以及莉莉絲和人類起源的來龍去脈，並且預言了未來的第二次衝擊，以及2000年之後的某一天，人類將打敗其餘所有的使徒，亞當與莉莉絲所孕育的生命必將歸還本體，也可以理解為新的輪回，重新生長出生命之樹，並產生新形態的生命體。
而亞當與莉莉絲歸還本體時，會引發第三次衝擊消滅世界上所有現存的生命。
聯合國組織決定封鎖死海文書傳遞的資訊，他們反對使徒回歸亞當引發第三次衝擊，並開始尋找亞當以及莉莉絲的蹤跡，企圖研究其中的奧秘。他們相信，如果自己可以同時擁有生命之果和智慧之果，他們自己也將成為神一樣的存在。
另一邊，一個名叫seele地下組織，也在謀劃著「人類補完計畫」的宏圖大業。
seele是什麼？seele在德語中是靈魂的意思。seele組織則是一個已經在地球上存在了幾百年的宗教組織，組織的標誌由七隻眼睛組成，也就是被人類囚禁的莉莉絲臉上的樣子。
Seele的成員一般並不直接露面， 都是以聲音的形式出現的
其數目加上人類補完委員會的成員共計12名，再加上男主角的父親碇源堂，一共13人，中心人物是基路議長，通過這位議長的裝備可以看出，他一直以現代科技所續命，並且這些議員的歲數都已經很大，被稱為「老人們」。
seele的目的不同於聯合國，他們認為人類本身的存在就是罪惡的，人類，無論是肉體還是心靈，都是由脆弱的物質構成，非常容易受到傷害。
而在人與人之間，心靈的世界是彼此隔絕的，要使人類向更高的領域進化，就必須使人的心靈擺脫軀體的束縛，重新回到人類的誕生之地「莉莉絲之卵」中。
唯有如此，才能最終拆除人與人之間的心靈屏障，使不同的心靈世界能夠相互補充，走向進化的更高階——融為一體。
在2000年，人類如願以償地在南極發現了白之月以及亞當。
SEELE在南極的白之月裡秘密建設基地，並招攬了當世最傑出的科學家。
經過多年努力，由葛城博士提出的S²理論完美地解釋了神之奧秘，之後人類便迫不及待地想進行S²理論的驗證實驗。
實驗前一個月，運來了從死海打撈起的朗基努斯之槍。
當時有一個名叫六分儀的年輕人，為了能夠進入seele組織，主動接近seele高層的女兒——碇唯，並不惜改掉了自己的姓氏，入贅到碇家。兩人成婚後，這個男人成功加入了seele，並成為了組織的第十三號成員。
這個男人，後來的名字就叫做碇源堂，也就是Nerv組織的碇司令，男主角碇真嗣的親生父親。
2000年第二次衝擊的前一天，碇源堂知道了seele幕後的計畫——利用聯合國的貪婪引發第二次衝擊，所以碇源堂在衝擊的前一天攜帶了大量的資料回到了日本，避開了這次災難。
2000年9月13日，S²實驗啟動，實驗人員將S²基因植入了亞當體內，之後，亞當果然蘇醒；
但緊接著以朗基努斯之槍封印亞當的行動卻沒有成功，聖槍沉入了海底；
驚恐之中，實驗人員只得按預定方案嘗試啟動了亞當的自爆系統，隨後，亞當的A.T 力場反轉，核心破碎，最終未能來得及發動創世紀就在一場大爆炸中灰飛煙滅。
人類雖然避免了滅頂之災，但仍引發了一場浩劫：
亞當自爆所釋放出的巨大能量造成南極冰川融化、整個南極變成了一片紅海，海平面上升，地磁偏轉、氣候異變、經濟崩潰、戰爭不斷……世界人口銳減二分之一，這次浩劫被稱作第二次衝擊。
第二次衝擊喚醒了所有的使徒，自此人類補全計畫也正式啟動。
而人們發現，地球上所發生的災難，與死海文書所記載的預言如出一轍，這顯然不是簡單的巧合。
在第二次衝擊中，南極考察隊的首席科學家葛城博士在臨爆炸的時候將自己的女兒裝進了保護艙裡，進而使得自己的女兒倖存了下來，這個女生就是後來主角所在的Nerv組織的作戰部長——葛城美裡。
在第二次衝擊發生差不多的時候，人類在日本的箱根發現了黑之月，裡面住著孕育人類之母——莉莉絲，seele馬上封鎖了消息並對外宣稱其箱根下面的是亞當並非莉莉絲，
並在日本箱根上面開始建立城市堡壘，用於抵抗未來使徒的進攻。在建立堡壘的同時設立了位於箱根地下的人工進化研究所（即NERV前身）。
2001年，第二次衝擊的第二年，男主角錠真嗣出生，而所有的eva駕駛員也都在同一年出生，還都在同一個班級裡。
又過了2年，2003年，聯合國和seele組織完成了對南極的考察，取回了由於亞當爆炸而分裂出的胚胎，主角母親碇唯的老師——冬月博士探訪了人工進化研究所，並質疑了政府對於第二次衝擊所公佈的資訊，
碇源堂沒有否認，轉而希望冬月可以加入他們，並對冬月說出了這句話「你是要一輩子賣糖水，還是跟我一起改變世界」，
哦不對，沒有前半句，只有一起改變世界。冬月動了心，於是也加入了人工進化研究所，成為了碇源堂的副手。
說到這裡，如果是沒有看過eva的，或者對故事背景並不是特別熟悉的夥伴，估計已經看得雲山霧繞了。
我覺得非常有必要，把剛剛提到的，聯合國，seele，碇源堂以及碇唯，他們每個人的計畫，再梳理一下。這樣才能真正理解之後的劇情。
首先說聯合國的計畫。
我們可以理解聯合國為保守派，他們是離散形態人類既得利益的守護者。前面有提到過，人類是第十八使徒，因為沒有生命果實的支持，所以只能以一個個離散的個體形式而存在。雖然這不一定是完美的狀態，但是人類已經在地球上生活了很久，並且憑藉著自己的智慧，擁有了難以想象的高科技，也發展了屬於自己的文明。所以聯合國作為現形態人類的代表，竭力要阻止使徒接觸亞當，阻止第三次衝擊。因為第三次衝擊，也意味著人類的毀滅。
而Seele組織，我們可以理解為是人類中的激進派。
表面上也是在阻止第三次衝擊的發生，但他們的真正目的其實是人類補完計畫。這也是整個劇集中一直圍繞著的主線，seele成員們一隻提到的劇本，就是為了最終人類補完計畫的完成而準備的。
那麼，「人類補完計畫」到底是個什麼計畫呢？
人類因為沒有生命果實的力量，因此AT立場也非常弱，表現形式，就是無論肉體還是心靈都非常容易受到傷害。而在人與人之間，心靈的世界是彼此隔絕的，要使人類向更高的領域進化，就必須使人的心靈擺脫軀體的束縛，重新回到人類的誕生之地「莉莉絲之卵」中。唯有如此，才能最終拆除人與人之間的心靈屏障，動畫中也叫「心之壁」。
這樣，不同的心靈世界就能夠相互補充，走向人類進化的終點——永生。
而要實現這一目標，seele組織就要嚴格按照死海文書中的預言，一絲不茍地照章執行，也就是所謂的劇本。
要實現人類補完，必須完成補完的儀式，要完成補完儀式，必須找到生命之樹，要找到生命之樹，就必須首先打敗神安排的守護者，也就是使徒。最終seele組織就是利用碇源堂所領導nerv打敗了所有的使徒，然後自己製造了量產機，用at力場的共鳴啟動了最後的儀式。這就是seele一直在做的事情。
接下來，是碇源堂。
儘管只有一個「人類補完計畫」，但是碇源堂和Seele卻同床異夢。碇源堂在自己的老婆碇唯沒死之前，他的野心已經在動畫中昭然若揭，想要得到亞當與莉莉絲之後自己成為神。原本他跟碇唯只是逢場作戲，但沒想到自己對碇唯的愛卻變得越來越真實和強烈，這種情感在妻子死的那一刻達到了頂點。所以他的計畫，也發生了一些改變，他下定決心要再次見到碇唯，但是首先必須要成為神。
最後，是碇唯的計畫，雖然碇唯與seele頗有淵源，但在碇唯心目中，她是不贊成SEELE的計畫的，她認為這種「妄圖控制神」的行為是在打開「潘朵拉的魔盒」。
她加入研究工作是為了防止第三次衝擊的發生，及研究如何用好EVA的技術，讓人類得到永生，永遠在宇宙中生存，留下人類在宇宙中活過的證明。
然而，在工作中，有一個問題，就是EVA的同步問題，究竟如何才可以好好地操控EVA呢？
答案，就是讓一個人的靈魂寄宿在EVA的核心當中，再讓駕駛員塔上EVA，讓兩個靈魂進行同步。而要使兩個靈魂能夠實現最佳的同步，兩個靈魂之間存在至親的關係無疑是最為合適的選擇，因此最佳方案就是用靈魂的子女作為駕駛員。所以我們發現男主角的同班同學們，其實都是eva的駕駛員候選人，而這些候選人基本上母親都已經去世。這不是巧合，而是他們的母親全都為了eva的實驗獻出了生命。
最典型的就是二號機的駕駛員——明日香，二號機的靈魂，就是她母親的部分靈魂。
而其他同學身上，其實也都能夠找到喪母的線索。只要你看的足夠仔細。
碇唯冥冥中已經預感到第三次衝擊無法避免，而作為母親，她竭盡所能希望能幫助自己的兒子躲過浩劫。
而讓兒子能夠躲過浩劫的最佳方案，就是讓他成為eva的駕駛員，甚至成為神。
於是碇唯在實驗中故意讓自己被吸入EVA初號機中，這樣一來，自己的兒子也就順理成章成為了初號機駕駛員最佳候選人。讓初號機成為第三次衝擊的諾亞方舟。
所以我們就可以理解，為什麼碇司令看上去那麼不待見自己的兒子，正是因為他，自己再也無法見到心愛的妻子了。
妻子的失去讓碇源堂悲痛不已，從此碇源堂暗地裡計畫著自己要成為神，為的就是和碇唯再次見面。
在此之前，碇源堂用第二使徒莉莉絲的體細胞加上碇唯的DNA製作出來的克隆人——淩波麗，作為莉莉絲的靈魂容器而存在，本質上可以看作是碇唯模樣的莉莉絲分身。
克隆實驗並不一帆風順，經歷了許許多多的失敗，所以也有許許多多淩波麗的克隆體，他們雖然是克隆體，但心智還是有所區別的。
然後，時間到了2008年，赤木直子博士完成了MAGI的基礎理論研究，赤木直子就是動漫中黃頭髮女科官赤木律子的母親。MAGI相當於人造的大腦，為人類採取行動提供重要依據，影響著人類命運的走向。赤木直子在MAGI中植入了自己的三個人格，分別為自己身為科學家的人格，自己身為母親的人格，以及自己身為女人的人格。
這三種人格加上超級電腦的演算法行成對事物立體的判斷。
2010年，MAGI系統最終建造完成。當日在研究所看到了以碇唯基因和人造人技術所創造出來的用於裝載莉莉絲靈魂的淩波麗1號，碇源堂創造淩波麗，為的就是以後將亞當與莉莉絲進行融合讓自己成為神。
赤木博士和碇司令之間也有曖昧的關係，
據我對碇司令的瞭解，他是在利用赤木博士，玩弄她的感情。
當他的目的達到以後，有一天晚上碇司令故意讓淩波麗1號用言語刺激赤木博士，導致了赤木生生地掐死了淩波麗1號，而赤木博士自己也因此跳下試驗臺自盡了。這樣一來，知道事情真相的人就又少了一個。
2010年同年，還有另一件大事，人工進化研究所經過改編，我們在動畫裡經常看到的NERV正式成立了，seele以及司令的計畫進入了下一個階段。
NERV
NERV，是SEELE的下屬執行機構，前身為GEHIRN（人類進化研究所），組織的首要任務就是按SEELE的指示執行「人類補完計畫」。
Nerv的logo是由nerv四個字母，以及半片樹葉組成。
這半片樹葉，並不是隨便半片樹葉，而是無花果樹葉，在聖經故事中亞當和夏娃偷吃的智慧果就是無花果。光從logo透露出的資訊，nerv的狼子野心就可見一斑。
字面理解的話，NERVE意為「神經」，不過NERVE中最後還有一個字母E，正好被樹葉遮蓋了，這特別諷刺，仿佛從logo裡就能看出nerv組織對上級機構seele並不是毫無保留的。
在碇司令和冬月主持之下，NERV確實漸漸與SEELE貌合神離。
Nerv的總部位於第三新東京市的地下都市，也就是黑之月，LILITH之卵的所在地。 活動內容一般向媒體公開，但絕大部分仍是最高機密。非常事態時，對國聯軍及國聯加盟國軍擁有絕對的指揮權。
Nerv的主力兵器，也就是我們非常熟悉的eva——泛用人型決戰陸上兵器，全稱——EVANGELION。宗教含義是福音的意思。
Eva是人類仿造第一使徒和第二使徒亞當和莉莉絲而成，因為使徒擁有長久的生命，人類希望自己也能活到天荒地老。所以叫新世紀福音戰士
Eva的真實面貌並不是動畫中我們看到的機甲。機甲是人類另外添加的，為了限制eva的活動。裡面的肉身才是eva的真身。機甲是人造產物，是需要充電的，如果沒有了外部電源的支撐，機甲的行動時間只能維持5分鐘。