柯南裡面的臥底人物也是有很多的， 而且隱藏也是夠深， 你能說出來幾個名偵探柯南裡面的臥底呢？
基爾（水無憐奈）就是臥底之一， 她是CIA的， 後來被赤井秀一他們發現了， 就和他們聯手了。 不過後來琴酒懷疑她的身份， 就讓她殺了赤井秀一， 為了不讓他們懷疑， 基爾就把秀一「殺」了。 但是很多人懷疑秀一並沒有真的死（後來接著的劇情裡確實是沒死）死的那個是組織的成員楠田陸道。 後來出來的沖矢昂就是秀一假扮的。
安室透 真實身份為日本公安員警派入黑衣組織的臥底 ， 組織代號"波本"(Bourbon) 。 表面職業為私家偵探、餐廳服務生， 在毛利偵探事務所樓下的波洛咖啡廳打工， 並拜毛利小五郎為師。 擅長搜集情報， 有極強的觀察力與推理能力。
苦艾酒 姑且算半個臥底吧。 柯南主角無敵光環的重要組成部分。 要是沒她柯南早死了10次以上了， 因為基本上有她在的地方她總是會保護柯南。 也會向柯南提供一些關於組織的相關情報， 更多的是兩個人的相互利用。 知道柯南的秘密（即是是工藤新一的縮小版）。
赤井秀一 充滿神秘感的FBI搜查官。有極強的狙擊能力、推理能力和情報搜集分析能力，車技一流。冷峻，不茍言笑。和琴酒一樣都是左撇子，平時總喜歡戴針織帽。曾成功打入黑衣組織內部，並獲得「黑麥威士卡」（Rye）的代號。被組織內部稱為「銀色子彈」。為了説明臥底進入組織的水無憐奈重新進入組織並騙取琴酒的信任，假裝被槍擊死亡。之後以沖矢昴的身份出現，暗中保護灰原哀，期間知曉了柯南的真實身份。回歸後繼續使用沖矢昴的身份。
灰原哀（宮野志保）原黑衣組織成員，代號"雪麗"(Sherry)，女科學家，是使工藤新一身體縮小的藥物APTX4869的製造者。有著被組織看中的好頭腦，曾被派往美國留學。姐姐宮野明美被組織暗殺後，因對組織對此沒有作出解釋而不滿，停止藥物研發工作以示抗議，被組織囚禁，為了自殺而服下APTX4869後，身體縮小成小學生模樣。背叛組織後被阿笠博士收留，化名為灰原哀。
愛爾蘭 在劇場版《名偵探柯南:漆黑的追蹤者》中登場。愛爾蘭在貝爾摩德的幫助下易容成管理官松本清長潛入警視廳。他不算臥底，只是在最後琴酒他們為了滅口準備殺了他的時候，他後悔了，背叛了組織，但是最後也是死了。不過當初看的時候真心感覺是隱藏的好。
赤井秀一 充滿神秘感的FBI搜查官。有極強的狙擊能力、推理能力和情報搜集分析能力，車技一流。冷峻，不茍言笑。和琴酒一樣都是左撇子，平時總喜歡戴針織帽。曾成功打入黑衣組織內部，並獲得「黑麥威士卡」（Rye）的代號。被組織內部稱為「銀色子彈」。為了説明臥底進入組織的水無憐奈重新進入組織並騙取琴酒的信任，假裝被槍擊死亡。之後以沖矢昴的身份出現，暗中保護灰原哀，期間知曉了柯南的真實身份。回歸後繼續使用沖矢昴的身份。
灰原哀（宮野志保）原黑衣組織成員，代號"雪麗"(Sherry)，女科學家，是使工藤新一身體縮小的藥物APTX4869的製造者。有著被組織看中的好頭腦，曾被派往美國留學。姐姐宮野明美被組織暗殺後，因對組織對此沒有作出解釋而不滿，停止藥物研發工作以示抗議，被組織囚禁，為了自殺而服下APTX4869後，身體縮小成小學生模樣。背叛組織後被阿笠博士收留，化名為灰原哀。
愛爾蘭 在劇場版《名偵探柯南:漆黑的追蹤者》中登場。愛爾蘭在貝爾摩德的幫助下易容成管理官松本清長潛入警視廳。他不算臥底，只是在最後琴酒他們為了滅口準備殺了他的時候，他後悔了，背叛了組織，但是最後也是死了。不過當初看的時候真心感覺是隱藏的好。