海賊王和其他動漫不同之處在于， 它其中有很多謎團， 尾田是挖坑容易， 填坑卻懶得填， 一直以來都吊著眾多粉絲的胃口， 簡單分析來看， 海賊王目前還有四大謎團沒有解開， 等到全部解開的時候， 估計就是海賊王完結的時候了。 ONE piece
海賊王最神奇之處就在于， 整個故事都是基于ONE piece進行的， 無數人駛入大海就是為了尋找這東西， 可是在21年的連載當中， 沒有人知道這東西到底是個啥， 很多時候粉絲覺得， 連尾田都沒有想好到底是個什么東西， 足夠支撐這整個故事。
貝加龐克
海賊王中的第一科學怪人，
烏拉諾斯
作為足以毀滅世界的三大遠古兵器， 烏拉諾斯到底是什么， 長成什么樣， 至今仍然是一個謎， 很多人都認為， 它絕對是古代兵器中最強大的一個， 如今大家已經看到了冥王和海王逆天的力量， 有關天王的造型和具體能力， 一直都是一個謎。
索隆、娜美的身世之謎
海賊王一直以來都是圍繞著船員身世秘密進行的， 可是作為最早登場的幾名船員中， 山治的身世秘密已經在大媽篇中得到解答， 但是有關索隆和娜美的故事卻一直沒有展開。