火影忍者最大的特點就是各種千變萬化的忍術系統, 但有些忍術就像遊戲中的基礎一樣, 人人都會, 而且還特別重要, 在這部漫畫的前期, 基本每個角色都是用的很頻繁, 但到後期, 這些忍術基本都沒有了用武之地。
召喚忍具, 代表忍者, 天天, 忍具是忍者們重要的作戰裝備, 在戰鬥中能活用忍具是非常重要的, 前期漫畫對忍具的描寫還是非常多的, 各種苦無, 手裡劍, 尤其是天天把這種技能發揮到了極致, 其實在後期, 設計一些有趣的忍具作戰劇情也是很不錯的。
替身術, 早期的替身術可以說是BUG般的存在,
通靈術, 雖說召喚靈獸的劇情在後期也是有的, 但沒有像前期那麼重要了, 早期要出現一隻靈獸, 可是要做很多的劇情鋪墊, 幾百個忍者都打不過的存在, 後期, 召喚靈獸只能是當當肉靶子的存在。
卡凱西的拷貝之術, 卡凱西一直被賦予了拷貝忍者的頭銜, 和再不斬一戰中, 施展的拷貝經典劇情至今令人難忘, 但後期這個設定似乎就被取消一樣,