在武昌起義和灤州“兵諫”的雙重打擊下， 整個清廷都把轉危為安的希望， 寄託在了曾被他們疑忌和迫害的袁世凱身上。 在攝政王奕劻的建議下， 清廷解散了原有內閣， 轉而任命袁世凱為內閣總理大臣， 同時屢屢下旨敦促袁世凱入都， 以重組責任內閣。
雖然意外地從中得利， 可是袁世凱並不高興。 因為他對於此次重登政治舞臺信心十足， 且已制定通盤計畫， 灤州“兵諫”打亂了這一計畫， 更讓他感到不安的是， 由此產生的一系列連鎖反應都可能超出他的掌控範圍之內。
在北方風波得不到平息之前，
在與段祺瑞的談話中， 袁世凱闡述了“北方比南方重要”的觀點， 認為南方革命軍只是一些烏合之眾， 清廷失盡人心， 大勢已去， 同樣不足為慮， 要說麻煩， 就麻煩在掌握軍隊而且膽敢“造反”的灤州將領張紹曾等人身上。
（紀錄片《灤州起義》）
此時南方戰事吃緊， 倘若分兵北上征討， 不但無取勝把握， 還要冒顧此失彼的風險。 鑒於參加“兵諫”的不少將領都曾是段祺瑞的學生， 張紹曾等也未真正投向革命軍， 袁世凱決定攻心為上， 派段祺瑞北上進行“安撫”。
袁世凱的擔心不是多餘的。
看到妥協沒能起到應有的作用， 載灃、良弼只得再派吳祿貞前往灤州做說服、疏通工作。
吳祿貞是中國留學日本的第一期士官生， 同時在舊學方面也頗有根底。 回國後他曾在東北幫辦延吉邊務， 與日本政府進行交涉， 因此早早就在軍政界嶄露頭角， 並擁有較好的聲譽。
吳祿貞恃才傲物， 但與良弼著有不錯的個人交情， 這就為他的仕途開了綠燈。 經過良弼極力向載灃、蔭昌推薦， 並親自出面保奏， 吳祿貞迎來了與張紹曾等人一樣的機遇， 得以出任第六鎮統制。
（吳祿貞）
派吳祿貞去灤州， 是因為吳祿貞與張紹曾、藍天蔚是好友， 三人在日本留學時即志趣相投， 人稱“士官三傑”。 可是載灃、良弼也許做夢都不會想到， 吳祿貞也是當初灤州秋操發難計畫的參與者之一， 而且他的思想比張、藍更為激進， 張、藍要的只是改良， 他卻恨不得立馬把清廷掀個底朝天。
吳祿貞到了灤州， 不但沒有勸張紹曾息事寧人， 而且還鼓動他乘清軍南征， 合力進攻北京。
張紹曾手下的協統之一潘渠楹此前已被袁世凱收買， 袁世凱向他許諾， 只要“兵諫”平息， 即讓他代替張紹曾做第二十鎮統制。 一聽吳、張可能要聯兵攻打北京， 潘渠楹趕緊把消息透露給了袁世凱。 袁世凱立即授意軍諮局發出兩道命令， 一是把灤州附近鐵路上的列車全部調進北京，
吳祿貞何等乖覺， 一收到電令就知道他與張紹曾之間的密謀已經暴露， 於是一不作二不休， 建議張紹曾聯合晉軍攻打北京。
（紀錄片《灤州起義》）
“造反”本非張紹曾所願， 他在這件事上一直猶豫不決， 但到此地步， 也只得勉強答應下來。 就在張紹曾著手準備的時候， 段祺瑞已經趕到北京， 並向參加“兵諫”的將領逐一發去公開或秘密的電報。 在這些電報中， 他以同僚和師長的身份， 勸將領們以國家利益為重， 停止“兵諫”， 服從袁世凱。 與此同時， 段祺瑞還派徐樹錚等親信幕僚前往自己所任職的部隊去進行聯絡和疏導。
參加“兵諫”的將領背景和想法不一， 在段祺瑞的勸說下很快就出現了分化。 第三鎮代理統制盧永祥原為段祺瑞的舊部， 段祺瑞一發話， 他就表示聽從勸告， 服從調遣。 第三鎮是北洋六鎮的精銳， 人數、裝備都不在第二十鎮之下， 盧永祥的態度轉變因此對第二十鎮造成了極大震動。
第二十鎮一共有兩個協統， 潘渠楹不用說， 早就是袁世凱的人了， 另一個協統伍祥楨見勢不妙， 也不再堅持要與朝廷對著幹。 其他中下級軍官不是段的舊部， 就是段的門生， 更是紛紛動搖。 張紹曾處於被架空的位置， 就算他想“造反”都有心無力了。